Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005109`

染色体: Chr01 坐标: 68889511-68891477 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005109`
名称	SmilChr01G005109
描述	AAA-ATPase At3g50940-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68889511 - 68891477 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005373`
GeneID	`131005373`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005373`
原始查询	`LOC131005373`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AAA-ATPase At3g50940-like
产物	AAA-ATPase At3g50940-like
Arabidopsis	`AT3G50930` (BCS1) cytochrome BC1 synthesi [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824257] identity=51.1; qcov=0.867; evalue=1.13e-146; confidence=high
Rice	`Os01g0605100` - identity=43.4; qcov=0.843; evalue=2.84e-120; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF14363 (AAA_assoc); PF25568 (AAA_lid_At3g28540)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005373

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057788296.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788296.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057788296.1`
4	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057788296.1`
5	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057788296.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68889524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B81
`Chr1:68889638`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B123,B129,B65,B68
`Chr1:68889768`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:68889771`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr1:68889831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B109,C33
`Chr1:68890002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B81,C76
`Chr1:68890164`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B105,B109,C33
`Chr1:68890273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr1:68890386`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,C3,D5
`Chr1:68890511`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	64	A11,A14,A22,A9,B106,B108,B110,B112,B121,B124,B126,B127,B13,B138,B140,B2,B22,B23,B26,B3,B30,B34,B39,B4,B46,B52,B53,B55,B58,B59,B64,B67,B73,B79,B89,B92,B98,C14,C16,C19,C21,C22,C23,C28,C32,C33,C38,C45,C54,C56,C57,C59,C63,C68,C73,C74,C79,C8,C81,C84,C9,D10,D11,D2
`Chr1:68890631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B41,B78,D5
`Chr1:68890639`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,C10,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788296.1

528 aa

264

528

AAA_assoc

AAA

AAA_lid_At3g28540

PF14363 AAA_assoc 34-126 aa PF00004 AAA 253-386 aa PF25568 AAA_lid_At3g28540 388-454 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788296.1`	Pfam	`PF14363`	AAA_assoc	Family	34	126	5.9e-21	75.4	Domain associated at C-terminal with AAA
`XP_057788296.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	253	386	3.5e-20	73.5	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
`XP_057788296.1`	Pfam	`PF25568`	AAA_lid_At3g28540	Domain	388	454	1.3e-19	70.6	At3g28540-like, AAA+ ATPase lid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932313.1
ATGAGCGCGTTATCTTCCAAGAGACGATACCCCTCCGCCAAAGCGGTCCTCTCCACGGTGGCGACGGCCATGATGCTCCGGTCCTACGCCAGAGAGCTCATTCCCTACAAGTTGAGAATCTACCTCAGCACCAAACTCTGTCACTTCCTCGCCGCCTTCTCCAACGAGACGACTCTCATCATCGAAGAATTCGACGGCCTTAACAAAAACCAGCTGTTCCACGCGGCGGAGCTCTACGCCGGGAGCATCTCCAGCCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005373
ATGAGCGCGTTATCTTCCAAGAGACGATACCCCTCCGCCAAAGCGGTCCTCTCCACGGTGGCGACGGCCATGATGCTCCGGTCCTACGCCAGAGAGCTCATTCCCTACAAGTTGAGAATCTACCTCAGCACCAAACTCTGTCACTTCCTCGCCGCCTTCTCCAACGAGACGACTCTCATCATCGAAGAATTCGACGGCCTTAACAAAAACCAGCTGTTCCACGCGGCGGAGCTCTACGCCGGGAGCATCTCCAGCCCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788296.1
MSALSSKRRYPSAKAVLSTVATAMMLRSYARELIPYKLRIYLSTKLCHFLAAFSNETTLIIEEFDGLNKNQLFHAAELYAGSISSPSTRRYCAYLPEKEKIIRVSLGENEEITDEFHKIHVKWRFLTDKNPRRGVPGDYGGGSSSSSVRCLELTFHKKNKNKVIDEYLPYVLKRSEALKEDRKTLKLNTLKSERGWSRDNVHPWQSVNLDHPAKFETLAMDDEMKKMIVDDLDTFLKRKEMYKRVGKAWKRGYLLYGPPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器