Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005123`

染色体: Chr01 坐标: 69047946-69053001 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005123`
名称	SmilChr01G005123
描述	uncharacterized SmilChr01G005123
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69047946 - 69053001 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005390`
GeneID	`131005390`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005390`
原始查询	`LOC131005390`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830069]; symbol=AT4G39140; hit=AT4G39140; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830069]; symbol=AT4G39140; hit=AT4G39140; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT4G39140` (AT4G39140) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830069] identity=45.2; qcov=1.04; evalue=2.79e-104; confidence=high
Rice	`Os01g0261100` (OsRFP) - identity=41.4; qcov=1.02; evalue=1.63e-77; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005390

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057788336.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057788336.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788336.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788336.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788336.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69049456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B131,B136,B16
`Chr1:69049618`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr1:69049692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:69051144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C7
`Chr1:69051146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B94,C40
`Chr1:69051598`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C4,C6
`Chr1:69051652`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:69051878`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B87
`Chr1:69052080`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C32,C68
`Chr1:69052194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932353.1
GGAGCCTCTCCAACAACGGCGCCGTTAGCCCGTCTGGAACGAAGACCACAACGCCACAGAGCCAACTAACGCCGTCAAACCAATGTCCGTGTCTTCCCTGCCTTCCCGAAAATAATACTACTAGCACTGTTGTTGAAGAAGTAGAATCAGACCCTTTTTCTCTCTCTACTTTCCACGTATTTCTCTCACCACACACACATATCCCATACATACACACTGCCATTTATATATTACTGACTTTCAACATACTCTGAAATCTG...

XM_057932355.1
AATGCCAAAATAGTTTAAATTGGATTTCAGTTGGTTTTGGGAAAGAGTTTCGGATCTCTATTGACCTCCGCAGTCTCGGACTCTTCGTATTTGTAGGGTTTTTGCGAGTATTCTCCAAAAATAGCTCTTAAAACTCGAGCATCAGTTTTTCATATACATATAGGATATTATGTGTACATATTCAATATAAAGTTTAAATGTTCGATTTATTGTGGACTGTTGCACGTTTTGTATTTTGTCCGTAAATAGCTGCTTCCCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005390
ATGGGGGCTGCATGCTGTGTTGCTGCTAAGGACAGAACTATTACAGATGGGTCACCTGGTGACTCTTTGCAGAGGCATGTCCGCTATTCACCAAATTGGAGCTTTCGATGGGATAATCGTGGACGGGTAGCTGGGGAAGAGACACACACAAATTGGTCCCATGATGGAGGTTGTGCTAATGATAGAATAGAAGTTAAATCTGGTACTACTGTTGAAACCGCATTTGCTTCTGAGGAGGGTAGTCCAATTGATAGTTTCCG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788336.1
MGAACCVAAKDRTITDGSPGDSLQRHVRYSPNWSFRWDNRGRVAGEETHTNWSHDGGCANDRIEVKSGTTVETAFASEEGSPIDSFRSVAWQKSPVSEGNGGISRLPSSDQAMSQAVVEVKESTDSLSVSYPSPVKLSPSVSSMSASPLSYQSHLPPPSSTPSRWHHRSPGRRLLRQVSDSRIPEYKSPTFSISEEPSIFMPSGWGNESSRESNGGSSDSWSVPAFSELMTTRRERWSFDSETSGFSREKITRSSGRDPG...

XP_057788338.1
MGAACCVAAKDRTITDGSPGDSLQRHVRYSPNWSFRWDNRGRVAGEETHTNWSHDGGCANDRIEVKSGTTVETAFASEEGSPIDSFRSVAWQKSPVSEGNGGISRLPSSDQAMSQAVVEVKESTDSLSVSYPSPVKLSPSVSSMSASPLSYQSHLPPPSSTPSRWHHRSPGRRLLRQVSDSRIPEYKSPTFSISEEPSIFMPSGWGNESSRESNGGSSDSWSVPAFSELMTTRRERWSFDSETSGFSREKITRSSGRDPG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器