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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005008`

染色体: Chr01 坐标: 68114845-68117255 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005008`
名称	SmilChr01G005008
描述	RING-H2 finger protein ATL65
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	68114845 - 68117255 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005394`
GeneID	`131005394`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005394`
原始查询	`LOC131005394`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RING-H2 finger protein ATL65
产物	RING-H2 finger protein ATL65
Arabidopsis	`AT3G18930` (AT3G18930) RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821425] identity=51.2; qcov=0.967; evalue=1.76e-95; confidence=high
Rice	`Os04g0590900` - identity=36.7; qcov=0.397; evalue=4.61e-25; confidence=low
GO	GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0016740 (transferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057788343.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788343.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788343.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788343.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788343.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:68115512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr1:68115547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B138,D9
`Chr1:68115667`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C4
`Chr1:68115667`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C4
`Chr1:68115685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B45,C41,D1,D3
`Chr1:68115793`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B10
`Chr1:68115793`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B10
`Chr1:68115916`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:68115922`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B45,C41,D1,D3
`Chr1:68115936`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,B27,B96
`Chr1:68115967`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:68116003`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B86,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788343.1

398 aa

199

398

zf-RING_11

zf-RING_2

zf-C3HC4

zf-C3HC4_2

zf-rbx1

PF17123 zf-RING_11 144-173 aa PF13639 zf-RING_2 144-187 aa PF00097 zf-C3HC4 145-186 aa PF13923 zf-C3HC4_2 145-186 aa PF12678 zf-rbx1 157-187 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788343.1`	Pfam	`PF17123`	zf-RING_11	Domain	144	173	1.4e-10	41.4	RING-like zinc finger
`XP_057788343.1`	Pfam	`PF13639`	zf-RING_2	Domain	144	187	4.4e-14	53.2	Ring finger domain
`XP_057788343.1`	Pfam	`PF00097`	zf-C3HC4	Domain	145	186	8.3e-06	26.3	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057788343.1`	Pfam	`PF13923`	zf-C3HC4_2	Domain	145	186	1.3e-07	32.0	Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
`XP_057788343.1`	Pfam	`PF12678`	zf-rbx1	Domain	157	187	1e-08	36.0	RING-H2 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932360.1
ATCAAACACTCTTATAAAATTTACACACAAGAGATTATAATCCACATGGTGGTGCAGTGGGAAAAAATGTAGTGAAGCAAAATGTTCAACTACCACAATTAAATGAAGTCTGTCGGCTTCTCATCCGAAATTACTCTCATTCATAAAGGCTGCCATTATTTAGTTGAGACGTCTTCCACCAAATTTATTATCGCTCTATGACTATCCCCATCACCCTCCAATTTTCTCAATTAATTTTTTAAATAAAATAGAAAATAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005394
ATGCGCCACCACGCTCTGCCCCCTGCTCCGGCGCCCCACCCATGGCACCCGCCCTCTCCTTCTCCCAAATCCTCACAACAGACACCGCCTTCGTCCGCGTCCGACTTCGCCTCCCCCCCACCGTCGAAATTGCCGGTTGACTTCAGCCCCCCTCTGATCGCCATGGTCGTCATAATCGCCACGGCCTTCGTCATCATCACCTACTCGCGCCTCCTCTCGCGTCACTTCATCCACGCCTACCGTCGCTACAGGCGCTGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788343.1
MRHHALPPAPAPHPWHPPSPSPKSSQQTPPSSASDFASPPPSKLPVDFSPPLIAMVVIIATAFVIITYSRLLSRHFIHAYRRYRRWRRRRRRYVPSSSAGDIESPPYAYDPTDAFHVLSPYGLDESIIKGIPLSVYTRKSGFYDCAVCLLEFEENDYVRTLPVCSHAFHVDCIDIWLRSHANCPLCRAGIFRPDSPFTPLMAARIRPSLDDMIIESTILEPLTEISAESEAVTEGEITQEPSPRRNYNQSEDRFNRRDFL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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