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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005067

染色体: Chr01 坐标: 68568047-68571017 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005067
名称SmilChr01G005067
描述uncharacterized protein At1g01500-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68568047 - 68571017 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005406
GeneID131005406
locus_tag-
NCBI NameLOC131005406
原始查询LOC131005406

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Erythronate-4-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838523]; symbol=AT1G19400; hit=AT1G19400; species=arabidopsis; confidence=high
产物Erythronate-4-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838523]; symbol=AT1G19400; hit=AT1G19400; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G19400 (AT1G19400)
Erythronate-4-phosphate dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838523]
identity=55; qcov=0.923; evalue=3.24e-106; confidence=high
RiceOs03g0775600
-
identity=52.5; qcov=0.938; evalue=5.73e-95; confidence=high
GOGO:0004617 (phosphoglycerate dehydrogenase activity)
KEGG-
PfamPF30490 (At1g01500_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005406

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788371.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057788371.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788371.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788371.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788371.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68568293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:68568304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C8
Chr1:68569302 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B140,C8
Chr1:68569302 CGT C 2bp_deletion CDS_variant 2 B140,C8
Chr1:68569305 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 2 B140,C8
Chr1:68569305 A AAG 2bp_insertion CDS_variant 2 B140,C8
Chr1:68569329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,C65,D2,D6
Chr1:68569381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:68569464 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:68569474 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:68569499 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:68569518 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788371.1
325 aa
N
1
162
325
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 53-214 aa
XP_057788372.1
325 aa
N
1
162
325
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 53-214 aa
XP_057788373.1
325 aa
N
1
162
325
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 53-214 aa
XP_057788374.1
325 aa
N
1
162
325
At1g01500_N
C
PF30490 At1g01500_N 53-214 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788371.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 53 214 3.6e-76 255.2 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057788372.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 53 214 3.6e-76 255.2 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057788373.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 53 214 3.6e-76 255.2 At1g01500-like N-terminal domain
XP_057788374.1 Pfam PF30490 At1g01500_N Domain 53 214 3.6e-76 255.2 At1g01500-like N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932388.1
ATGTTGTATCATTAAATTTAAATATTATAAAAAAATATCTATCGTGTATATTTTTGCACGCGTCACCTATAATAATACTATATTTTATTTGCATGTATATTGATAATGGATATCACTCCGAGTCTCCGAGTGTATGTCCTGGGCGTGGGGATGGGGGGCGGAATTTGTTTGTTTGCGCCTCAATGAATAAGAAGATGATGTATTTTCGTCGTCAAATACTGCTGTTTATTCATTCATTTATTTATTTATATGTTTTGGAG...
XM_057932391.1
ATTGATAATGGATATCACTCCGAGTCTCCGAGTGTATGTCCTGGGCGTGGGGATGGGGGGCGGAATTTGTTTGTTTGCGCCTCAATGAATAAGAAGATGATAATTTCGGCAGTTCGAATGCAAGTTGGAGCAGTTTCAGCGTAATAAAGCCAAACCCCACATGAAATATTAAACTGGTCATCTCACTGATATAGCCCCTCCCTCAATTCACTTTATAAATCATGGATGCCAATGAAGAGGAGGTGCTGATTTCTCTTAGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005406
ATGGATGCCAATGAAGAGGAGGTGCTGATTTCTCTTAGAGGAATGGGGGATACCGATGAAGTGCTCCTCCACGAAAACGGAGTAGCTGAAAACGGCCACCACGCTGTTACGAGGCACCCCTCCTACCAGCCTAGTAGTGTGAAGGCATCACTGCAGTGGCTTGATTTGAGAGTGTTTTATGTTAGAGTCAGCAAATGTGTTGTTGATGACGACTCAACACCAGAGTACCTCACGCTAAACCACGTCCCTTTGAACCGCGA...
LOC131005406
ATGGATGCCAATGAAGAGGAGGTGCTGATTTCTCTTAGAGGAATGGGGGATACCGATGAAGTGCTCCTCCACGAAAACGGAGTAGCTGAAAACGGCCACCACGCTGTTACGAGGCACCCCTCCTACCAGCCTAGTAGTGTGAAGGCATCACTGCAGTGGCTTGATTTGAGAGTGTTTTATGTTAGAGTCAGCAAATGTGTTGTTGATGACGACTCAACACCAGAGTACCTCACGCTAAACCACGTCCCTTTGAACCGCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788371.1
MDANEEEVLISLRGMGDTDEVLLHENGVAENGHHAVTRHPSYQPSSVKASLQWLDLRVFYVRVSKCVVDDDSTPEYLTLNHVPLNRDTLLEVNCVRTSIYSDGVSTLLKRDRLDKQSEEVTFVSTDSIRMTGSVKFEVFRENVLVLTGRLELCHSNGSLGEHRHPGQIWSMSCESDLIAGTGFLKGNQNACAPAIEVYVAGSFSGSPIILTQTLQLSHHRRKQTRKAMLEAIPEYETTLSQKEGPSTLTMPLRNYEEYRQ...
XP_057788372.1
MDANEEEVLISLRGMGDTDEVLLHENGVAENGHHAVTRHPSYQPSSVKASLQWLDLRVFYVRVSKCVVDDDSTPEYLTLNHVPLNRDTLLEVNCVRTSIYSDGVSTLLKRDRLDKQSEEVTFVSTDSIRMTGSVKFEVFRENVLVLTGRLELCHSNGSLGEHRHPGQIWSMSCESDLIAGTGFLKGNQNACAPAIEVYVAGSFSGSPIILTQTLQLSHHRRKQTRKAMLEAIPEYETTLSQKEGPSTLTMPLRNYEEYRQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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