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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005025

染色体: Chr01 坐标: 68212631-68214590 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005025
名称SmilChr01G005025
描述uncharacterized SmilChr01G005025
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68212631 - 68214590 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005424
GeneID131005424
locus_tag-
NCBI NameLOC131005424
原始查询LOC131005424

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838513]; symbol=AT1G19310; hit=AT1G19310; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838513]; symbol=AT1G19310; hit=AT1G19310; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G19310 (AT1G19310)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838513]
identity=57.7; qcov=0.792; evalue=1.41e-67; confidence=high
RiceOs12g0636000 (OsRDCP5)
-
identity=60.4; qcov=0.697; evalue=1.23e-64; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0006511 (ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0044390 (ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity); GO:0071712 (GO:0071712)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF13445 (zf-RING_UBOX); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005424

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057788400.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057788400.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057788400.1
4 Lipid droplet 脂滴 0.20000 XP_057788400.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788400.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68213293 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B117,C33,C48
Chr1:68213298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C36,D6
Chr1:68213350 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr1:68213381 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr1:68213393 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B46
Chr1:68213562 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 10 A11,A15,A21,B129,B52,B68,B73,B87,C46,C80
Chr1:68213566 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 11 A11,A15,A21,B129,B52,B68,B73,B87,C46,C5,C80
Chr1:68213584 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788400.1
232 aa
N
1
116
232
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4
C
PF13923 zf-C3HC4_2 36-77 aa PF13639 zf-RING_2 36-78 aa PF13445 zf-RING_UBOX 37-75 aa PF00097 zf-C3HC4 37-77 aa
XP_057788402.1
221 aa
N
1
110
221
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
zf-RING_UBOX
zf-C3HC4
C
PF13923 zf-C3HC4_2 25-66 aa PF13639 zf-RING_2 25-67 aa PF13445 zf-RING_UBOX 26-64 aa PF00097 zf-C3HC4 26-66 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788400.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 36 77 3.8e-07 30.5 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057788400.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 36 78 4.2e-07 30.8 Ring finger domain
XP_057788400.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 37 75 3.1e-07 31.0 RING-type zinc-finger
XP_057788400.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 37 77 4.3e-07 30.4 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057788402.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 25 66 3.2e-07 30.8 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057788402.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 25 67 4.5e-07 30.8 Ring finger domain
XP_057788402.1 Pfam PF13445 zf-RING_UBOX Domain 26 64 3.7e-07 30.7 RING-type zinc-finger
XP_057788402.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 26 66 4e-07 30.5 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932419.1
AATTACCTGTATTTGCATTTTGGTCCCTGTAAAATCTCGTAATTCCTCTCTGTTTTTATCTTTTCCACGCTCACAACTTCCATAAATTTACGGCATATATTTCTAATCCCACCTACCTTGTTGTATTTGCTATACTACTCCAGGAGATTCAAGGCTCCGTGCTGTACATATGGATTGTGGTTTTGGTGAATCAATGGACGCCTCTTCTTCAGCTGACGTAGCGTACGATACAGGGAATTTCGAATGCAACATCTGTTTTG...
XM_057932417.1
TCCCCTATTTTCACTCACTTTAATTCATGCATACATTGTAAATTCTACCTGATCTGTACAATTATCATTGCAATTTAGATCTATTTCAGCTCTTTTATATGTTTTCTGATTCAAGGCTCCGTGCTGTACATATGGATTGTGGTTTTGGTGAATCAATGGACGCCTCTTCTTCAGCTGACGTAGCGTACGATACAGGGAATTTCGAATGCAACATCTGTTTTGAACTAGCGCAAGAACCAATTGTGACGCTATGCGGCCAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005424
ATGTTTTCTGATTCAAGGCTCCGTGCTGTACATATGGATTGTGGTTTTGGTGAATCAATGGACGCCTCTTCTTCAGCTGACGTAGCGTACGATACAGGGAATTTCGAATGCAACATCTGTTTTGAACTAGCGCAAGAACCAATTGTGACGCTATGCGGCCATCTCTACTGCTGGCCGTGCCTATACCAATGGCTCCGGCTCCACTCACATTGCCACGAGTGCCCCGTTTGCAAGGCCATTGTACAGGAGGAGAAGCTGAT...
LOC131005424
ATGGATTGTGGTTTTGGTGAATCAATGGACGCCTCTTCTTCAGCTGACGTAGCGTACGATACAGGGAATTTCGAATGCAACATCTGTTTTGAACTAGCGCAAGAACCAATTGTGACGCTATGCGGCCATCTCTACTGCTGGCCGTGCCTATACCAATGGCTCCGGCTCCACTCACATTGCCACGAGTGCCCCGTTTGCAAGGCCATTGTACAGGAGGAGAAGCTGATCCCTATATACGGAAGGGGGAAATCAAATTGTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788400.1
MFSDSRLRAVHMDCGFGESMDASSSADVAYDTGNFECNICFELAQEPIVTLCGHLYCWPCLYQWLRLHSHCHECPVCKAIVQEEKLIPIYGRGKSNCDPRSRSLPGIPVPNRPMGQRPQTAPRVDMNYVRPNELDPITGAMPMAAARFGHLTLSTLFGALPAIFNLQVHGFHDATVYGATSGAPYLFSSSFHGGYVHGFHNYHTAPIEWKPILWKIIFVLVGIFLLLHLILA
XP_057788402.1
MDCGFGESMDASSSADVAYDTGNFECNICFELAQEPIVTLCGHLYCWPCLYQWLRLHSHCHECPVCKAIVQEEKLIPIYGRGKSNCDPRSRSLPGIPVPNRPMGQRPQTAPRVDMNYVRPNELDPITGAMPMAAARFGHLTLSTLFGALPAIFNLQVHGFHDATVYGATSGAPYLFSSSFHGGYVHGFHNYHTAPIEWKPILWKIIFVLVGIFLLLHLILA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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