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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005077

染色体: Chr01 坐标: 68650600-68652457 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005077
名称SmilChr01G005077
描述uncharacterized SmilChr01G005077
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68650600 - 68652457 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005445
GeneID131005445
locus_tag-
NCBI NameLOC131005445
原始查询LOC131005445

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rpl27-1; symbol=rpl27-1; hit=Os08g0404300; species=rice; confidence=high
产物rpl27-1; symbol=rpl27-1; hit=Os08g0404300; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G15220 (AT5G15220)
Ribosomal protein L27 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831374]
identity=63.6; qcov=1.01; evalue=1.23e-67; confidence=high
RiceOs08g0404300 (rpl27-1)
-
identity=70.7; qcov=0.94; evalue=1.86e-72; confidence=high
GOGO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation)
KEGGsmil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01016 (Ribosomal_L27)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005445

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788433.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 1.00000 XP_057788433.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788433.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788433.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788433.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68651656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,C56,C8
Chr1:68651672 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 1 B105
Chr1:68651672 A AG 1bp_insertion CDS_variant 1 B105
Chr1:68651811 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 62 A10,A23,A5,A9,B1,B103,B105,B109,B121,B122,B123,B129,B131,B133,B134,B135,B137,B17,B18,B19,B20,B26,B28,B29,B41,B44,B46,B63,B68,B7,B71,B74,B75,B80,B82,B85,C20,C25,C31,C33,C36,C37,C38,C40,C41,C45,C46,C48,C5,C55,C60,C67,C68,C71,C76,C77,C8,C87,D10,D4,D5,D9
Chr1:68651848 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B44,C20,C48
Chr1:68651848 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B44,C20,C48
Chr1:68651866 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr1:68651918 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 22 B1,B129,B134,B139,B17,B19,B29,B3,B35,B72,C15,C16,C33,C37,C38,C60,C62,C77,C87,D10,D5,D9
Chr1:68652115 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B20
Chr1:68652177 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 3 B55,C38,C60
Chr1:68652177 AT A 1bp_deletion CDS_variant 3 B55,C38,C60
Chr1:68652236 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 22 A19,A22,B1,B10,B119,B138,B139,B2,B34,B52,B60,B7,B70,B8,B87,B89,B91,C1,C22,C34,C72,D1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788433.1
149 aa
N
1
74
149
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa
XP_057788434.1
149 aa
N
1
74
149
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa
XP_057788435.1
149 aa
N
1
74
149
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa
XP_057788436.1
149 aa
N
1
74
149
Ribosomal_L27
C
PF01016 Ribosomal_L27 42-122 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788433.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 42 122 6.2e-36 123.0 Ribosomal L27 protein
XP_057788434.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 42 122 6.2e-36 123.0 Ribosomal L27 protein
XP_057788435.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 42 122 6.2e-36 123.0 Ribosomal L27 protein
XP_057788436.1 Pfam PF01016 Ribosomal_L27 Family 42 122 6.2e-36 123.0 Ribosomal L27 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932452.1
CACTCAATCAGTCGTCTTCTTCGCCGCCGGGGGAATTCCGTTGAAATAGAAATTTTCCGCGAGTGTTAAGCGTCTCGTTTTATGCTGCCTTATTCGTGATTTCCTATAGCGCCATAATTTTTTAGGTTACTGAATTCGATCAGCTTTATACGCTTTGTATTTCGATTTTAATTAACTGCTAAAATCGGCATGACATTTTTTGAACTCAGAATTGTTGAGATTGATCATCATATTACTTTGTAAGGTTGCAGAGAAAGATT...
XM_057932451.1
CACTCAATCAGTCGTCTTCTTCGCCGCCGGGGGAATTCCGTTGAAATAGAAATTTTCCGCGAGTGTTAAGCGTCTCGTTTTATGCTGCCTTATTCGTGATTTCCTATAGCGCCATAATTTTTTAGGTTGCAGAGAAAGATTCCCGGAAACAACCTTACAAATGTTGCAGAGAGAGATTCCCGGAAACATCATTGTTCGAGATCACACCCTCTACGCCTTGAAGGAAGGATGCGTCAAGTTTGAGCGCAACAAGCTAACTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005445
ATGAATTCCGTTGCATCTCTGTACAGAAGATTAAGCATTAGGGATCTGATCTCCAACACGCCTGTTTACAGTTCAGCTACTGATGTATCCGGAGAGGGATTGAGTTTGGTGTTGAGGCGATGGGCTAGCAAGAAAACGGCAGGATCCACGAAAAATGGTCGCGACTCGTTGCCCAAGAATCTCGGGGTCAAGAAATTTGGTGGAGAGAGAGTGATTCCCGGAAACATCATTGTTCGTCAAAGGGGTACGCGTTTCCATCC...
LOC131005445
ATGAATTCCGTTGCATCTCTGTACAGAAGATTAAGCATTAGGGATCTGATCTCCAACACGCCTGTTTACAGTTCAGCTACTGATGTATCCGGAGAGGGATTGAGTTTGGTGTTGAGGCGATGGGCTAGCAAGAAAACGGCAGGATCCACGAAAAATGGTCGCGACTCGTTGCCCAAGAATCTCGGGGTCAAGAAATTTGGTGGAGAGAGAGTGATTCCCGGAAACATCATTGTTCGTCAAAGGGGTACGCGTTTCCATCC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788433.1
MNSVASLYRRLSIRDLISNTPVYSSATDVSGEGLSLVLRRWASKKTAGSTKNGRDSLPKNLGVKKFGGERVIPGNIIVRQRGTRFHPGNYVGMGRDHTLYALKEGRIKFERNKLTGRKWIHVEPKEGHELHPVYANMGDPAAVEMKTAA
XP_057788434.1
MNSVASLYRRLSIRDLISNTPVYSSATDVSGEGLSLVLRRWASKKTAGSTKNGRDSLPKNLGVKKFGGERVIPGNIIVRQRGTRFHPGNYVGMGRDHTLYALKEGRIKFERNKLTGRKWIHVEPKEGHELHPVYANMGDPAAVEMKTAA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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