Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005130`

染色体: Chr01 坐标: 69096784-69097760 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005130`
名称	SmilChr01G005130
描述	uncharacterized SmilChr01G005130
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69096784 - 69097760 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005446`
GeneID	`131005446`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005446`
原始查询	`LOC131005446`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TOP3; symbol=TOP3; hit=Os03g0165000; species=rice; confidence=low
产物	TOP3; symbol=TOP3; hit=Os03g0165000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G42860` (AT3G42860) zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823332] identity=61.8; qcov=0.27; evalue=8.33e-06; confidence=weak
Rice	`Os03g0165000` (TOP3) - identity=42.3; qcov=0.413; evalue=1.64e-06; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF06839 (Zn_ribbon_GRF)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005446

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057788437.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057788437.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.60000	`XP_057788437.1`
4	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057788437.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788437.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69097044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B108,B16,C24,C40,C62
`Chr1:69097086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C63,C64
`Chr1:69097309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B15,B46,B81,C11,C56
`Chr1:69097313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr1:69097317`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B140,C31,C40,D2
`Chr1:69097352`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	66	A1,A18,A2,A20,B103,B106,B109,B111,B112,B113,B119,B121,B122,B14,B16,B19,B20,B3,B34,B42,B44,B55,B57,B6,B61,B62,B68,B74,B75,B78,B83,B84,B9,B91,B99,C13,C16,C20,C21,C22,C26,C27,C29,C30,C33,C37,C39,C41,C5,C50,C52,C59,C61,C66,C67,C69,C71,C73,C74,C82,C84,C87,C9,D6,D8,D9
`Chr1:69097370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788437.1

126 aa

126

Zn_ribbon_GRF

PF06839 Zn_ribbon_GRF 17-55 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788437.1`	Pfam	`PF06839`	Zn_ribbon_GRF	Domain	17	55	5.1e-11	43.2	GRF zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932454.1
GGAAAATTGCACCTAAATACACAAAGTTTGCCGAAAATCCATATTTGACGCGAAGTTACGATTTTACATTTTAATACACCAATTTAATAACTTGTTCAATTTTGACACAATTTTCATTTCACCCAAATTAAAATCCGACGTGGCGCCTATGTGTCTGGCCGGCACACGCCATTCCGTTCGCCGGACTAAACACAAAACGACGGCGTTTTTTCATAAGAAAAACTACGTCGTTTAAGTAGTCTTCATTATTTAATCCCAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005446
ATGTCGCGCTCTTCGTCGTGGTCAAGTGTGCAAGAGGATGCTCTCATTACATGCCGTTGCAAAATACCGGCGAAGGTGGAGACGTCTAGAACTTCAAAAAATCCTGGTCGGAAGTTCTATTGCTGTCAGTATGGAGACTGTCAATTCTTTCTCTGGGTGGATGCAGTACAGAATGCTTTGAATGTTGTTTCGAATGTACGTTTTGCTGAATTTGCTGACATGTGCTTAGCAAGAGTGGCCGAGCTCGAAGAGAATTTTAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788437.1
MSRSSSWSSVQEDALITCRCKIPAKVETSRTSKNPGRKFYCCQYGDCQFFLWVDAVQNALNVVSNVRFAEFADMCLARVAELEENFSVLENKMKELEDMKISCLKKLFWMRLLVVVLITLIFRSLL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器