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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005085

染色体: Chr01 坐标: 68724846-68726444 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005085
名称SmilChr01G005085
描述uncharacterized SmilChr01G005085
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向68724846 - 68726444 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005450
GeneID131005450
locus_tag-
NCBI NameLOC131005450
原始查询LOC131005450

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0724500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os03g0724500; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT4G39235 (AT4G39235)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830079]
identity=69.3; qcov=0.824; evalue=7.09e-34; confidence=medium
RiceOs03g0724500
-
identity=69.1; qcov=0.89; evalue=4.01e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788442.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057788442.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788442.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788442.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788442.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:68725140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,C23
Chr1:68725386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:68725387 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:68725390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr1:68725412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932459.1
ACTACTTGTCGCCCAAGCCAGATGAGCTAATTTATAAATCTCAGATTATAATTAATTCAGTTAGTCTCTTCAAAACAAAAAATTAATTCAGTTAGAGGAAAGTCGTTTTTCAATTGGCGAAGCGGTAGTAATTCTATTTCATTTTTGGTTTTCAAGCATTGATCAACAATGACAACTGAAAAGATCTCGAATGATAAGCTCCCAGCACCAGGAGTTCCAGCTCCGGAAGTGAGTTCGTGTAGGAAGAAGAAGAGTGAAGA...
XM_057932461.1
AGATTATAATTAATTCAGTTAGTCTCTTCAAAACAAAAAATTAATTCAGTTAGAGGAAAGTCGTTTTTCAATTGGCGAAGCGCATTGATCAACAATGACAACTGAAAAGATCTCGAATGATAAGCTCCCAGCACCAGGAGTTCCAGCTCCGGAAGTGAGTTCGTGTAGGAAGAAGAAGAGTGAAGAAGCAACTTTCCTCGAAGATGTGAAGGATCACATAAATGACTTCATTCATGCTTCCATGGATGAGCACAAAACTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005450
ATGACAACTGAAAAGATCTCGAATGATAAGCTCCCAGCACCAGGAGTTCCAGCTCCGGAAGTGAGTTCGTGTAGGAAGAAGAAGAGTGAAGAAGCAACTTTCCTCGAAGATGTGAAGGATCACATAAATGACTTCATTCATGCTTCCATGGATGAGCACAAAACTTGCTTTCAGAAAAGTATCAAGAAGATGTTTGGAATGTCAAAAGTCGTTGCAGAAAGGAATTCGCAGACAAAGGAAGTGGAAAGTTCTCTACCTCT...
LOC131005450
ATGACAACTGAAAAGATCTCGAATGATAAGCTCCCAGCACCAGGAGTTCCAGCTCCGGAAGTGAGTTCGTGTAGGAAGAAGAAGAGTGAAGAAGCAACTTTCCTCGAAGATGTGAAGGATCACATAAATGACTTCATTCATGCTTCCATGGATGAGCACAAAACTTGCTTTCAGAAAAGTATCAAGAAGATGTTTGGAATGTCAAAAGTCGTTGCAGAAAGGAATTCGCAGACAAAGGAAGTGGAAAGTTCTCTACCTCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788442.1
MTTEKISNDKLPAPGVPAPEVSSCRKKKSEEATFLEDVKDHINDFIHASMDEHKTCFQKSIKKMFGMSKVVAERNSQTKEVESSLPLRTTT
XP_057788443.1
MTTEKISNDKLPAPGVPAPEVSSCRKKKSEEATFLEDVKDHINDFIHASMDEHKTCFQKSIKKMFGMSKVVAERNSQTKEVESSLPLRTTT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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