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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005147

染色体: Chr01 坐标: 69252152-69254473 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005147
名称SmilChr01G005147
描述uncharacterized SmilChr01G005147
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69252152 - 69254473 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005479
GeneID131005479
locus_tag-
NCBI NameLOC131005479
原始查询LOC131005479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005479

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788461.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057788461.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057788461.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788461.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788461.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69253185 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 33 A10,A18,A24,A5,A7,B101,B103,B113,B124,B125,B134,B14,B2,B33,B46,B5,B60,B66,B71,B72,B83,B87,C22,C30,C34,C42,C56,C58,C62,C78,D5,D6,D9
Chr1:69253316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B46,C30,D6
Chr1:69253347 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 25 A10,A24,A5,A7,B101,B106,B125,B134,B14,B2,B46,B5,B60,B66,B71,B72,B8,C34,C42,C58,C62,C78,D5,D6,D9
Chr1:69253356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,D5,D6
Chr1:69253452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:69253482 GTT * 2bp_deletion CDS_variant 2 B122,C45
Chr1:69253671 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 1 B119
Chr1:69253671 CTA C 2bp_deletion CDS_variant 1 B119
Chr1:69253794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B20,C17
Chr1:69253936 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr1:69254032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr1:69254136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932480.1
TTAATATGTGTGATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGATCTAACTCTAAGGGGGT...
XM_057932479.1
AATTAAAAAAAAAATCCATACCAAAATTTTAATATGTGTGATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005479
ATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGATCTAACTCTAAGGGGGTTTTACACTACAA...
LOC131005479
ATGATTTCCGCTCCGCCAATCTCGCAACCACACCGCCCCTTCCATCCAATTTCCGGGATGGGCGAGATGGAACGATCGTTTGATGGAGCAGTAGCGCAGAAACTCTACTTTTCAGATAGGGTATGTTTTGTTTGCCGTGTCCTTCCGCGCCTACGTGATCGTGAGTCTGCTGATTTCAAACTCAGAGGTTACCTTATCTTTGTTGTCGACTTATCCGAATTAGTTAATGGATCTAACTCTAAGGGGGTTTTACACTACAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788461.1
MISAPPISQPHRPFHPISGMGEMERSFDGAVAQKLYFSDRVCFVCRVLPRLRDRESADFKLRGYLIFVVDLSELVNGSNSKGVLHYNILLNYGLRMSVCGLDSTLYFVESCSTTLTVQTLDVETKHQGLNLKLGADDLGSLPPMLGPKRYALIASIPRTKKILVFSSMFEVFHVADDDFDKYVDFDFEMYDVGTNTWEKLPPLVIRKFKCNGNSMDPSFSLLHGAEVTEIPRNARDRDFRIYKISRYTLIDEDVFLVQLT...
XP_057788462.1
MISAPPISQPHRPFHPISGMGEMERSFDGAVAQKLYFSDRVCFVCRVLPRLRDRESADFKLRGYLIFVVDLSELVNGSNSKGVLHYNILLNYGLRMSVCGLDSTLYFVESCSTTLTVQTLDVETKHQGLNLKLGADDLGSLPPMLGPKRYALIASIPRTKKILVFSSMFEVFHVADDDFDKYVDFDFEMYDVGTNTWEKLPPLVIRKFKCNGNSMDPSFSLLHGAEVTEIPRNARDRDFRIYKISRYTLIDEDVFLVQLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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