Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005161`

染色体: Chr01 坐标: 69381428-69385220 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005161`
名称	SmilChr01G005161
描述	uncharacterized SmilChr01G005161
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69381428 - 69385220 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005494`
GeneID	`131005494`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005494`
原始查询	`LOC131005494`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	coiled-coil 90B-like protein (DUF1640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816144]; symbol=AT2G16460; hit=AT2G16460; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	coiled-coil 90B-like protein (DUF1640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816144]; symbol=AT2G16460; hit=AT2G16460; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT2G16460` (AT2G16460) coiled-coil 90B-like protein (DUF1640) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816144] identity=49.7; qcov=0.553; evalue=6.9e-48; confidence=medium
Rice	`Os06g0713100` - identity=55.2; qcov=0.432; evalue=3.89e-43; confidence=low
GO	GO:0005739 (mitochondrion)
KEGG	-
Pfam	PF07798 (CCDC90-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005494

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057788481.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.20000	`XP_057788481.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788481.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788481.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788481.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69382313`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr1:69383786`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788481.1

331 aa

166

331

CCDC90-like

PF07798 CCDC90-like 48-187 aa PF07798 CCDC90-like 183-327 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788481.1`	Pfam	`PF07798`	CCDC90-like	Family	48	187	1.9e-56	191.4	Coiled-coil domain-containing protein 90-like
`XP_057788481.1`	Pfam	`PF07798`	CCDC90-like	Family	183	327	1.9e-56	191.4	Coiled-coil domain-containing protein 90-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932498.1
TATAATTTGATCTTCAAAAAGTTTCTTGCTGAAAAAGCTAGTATAACCTAATACATGTTCCAACAAAACCCTCGATGCCGTCGACACTCTCCTCCCAACAGTAATACCGCAGGGGGAAATCGATGGCTTCTTGTATTCGTTTGATTCAATCTGGAATTCGGCTATCCAAATCGCGATGCATTAATTCAGCTTCATTGATGAATTCGACCATTTCCTATCGCACGTTTTCGTCGAGTTCACCCAATCAAAAACCAATCTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005494
ATGGCTTCTTGTATTCGTTTGATTCAATCTGGAATTCGGCTATCCAAATCGCGATGCATTAATTCAGCTTCATTGATGAATTCGACCATTTCCTATCGCACGTTTTCGTCGAGTTCACCCAATCAAAAACCAATCTATCTCTTTGACACTCTCGCTTTGATTAGGAGCTTAGAAGCACAAGGCATCCACACAAAGCAGGCAGAGGCCATAACATCTCAAATGACTTTAGTTCTCAATGTCAGTATGGAATACATATTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788481.1
MASCIRLIQSGIRLSKSRCINSASLMNSTISYRTFSSSSPNQKPIYLFDTLALIRSLEAQGIHTKQAEAITSQMTLVLNVSMEYILQNAASKSEMQKVMMATETNLVKLKSEVQSCLDNNSSSLQGEDAKLKNDIDKLHGKLRHEIDKVTSAQRLDLNLERRRIDGELSDMRARTTDISNKLDNVVMANETNTVKLKSEIQSSLDQKFSPLQSKGEKLQNDIEKLSGELKHDIEKITAAQRLDLNLEKRRIDDKFADVRA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器