Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005175`

染色体: Chr01 坐标: 69492036-69501572 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005175`
名称	SmilChr01G005175
描述	uncharacterized SmilChr01G005175
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69492036 - 69501572 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005510`
GeneID	`131005510`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005510`
原始查询	`LOC131005510`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Urb2/Npa2 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829138]; symbol=AT4G30150; hit=AT4G30150; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Urb2/Npa2 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829138]; symbol=AT4G30150; hit=AT4G30150; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G30150` (AT4G30150) Urb2/Npa2 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829138] identity=34.8; qcov=1.04; evalue=0; confidence=low
Rice	`Os03g0203100` - identity=32.6; qcov=0.499; evalue=2.42e-139; confidence=low
GO	GO:0005730 (nucleolus); GO:0042254 (ribosome biogenesis)
KEGG	-
Pfam	PF10441 (Urb2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005510

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788502.1`
2	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057788502.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057788502.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788502.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788502.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69492332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B129,B140,C8
`Chr1:69492400`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr1:69492432`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,B130,C27,C42,C53
`Chr1:69492447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B103,B63,D10
`Chr1:69492885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr1:69492907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr1:69492942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,D10
`Chr1:69493250`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	10	B108,B113,B70,B76,B78,B82,C14,C33,C53,D4
`Chr1:69493281`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C11,C59,C69
`Chr1:69493282`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B63
`Chr1:69493456`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	B108,B113,B76,B82,C14,C53
`Chr1:69493479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788502.1

2024 aa

1012

2024

Urb2

PF10441 Urb2 1805-2023 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788502.1`	Pfam	`PF10441`	Urb2	Family	1805	2023	4.7e-34	118.9	Urb2/Npa2 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932519.1
TTGTAAACAACCCAACCCTTCTTCATTTTCGCGGTTAACCTTACACGCCCGCCCCTGCCGCCACTCTTCACCCCTTCAACCACCGTCTCGGCGGCCGCTGCGCACACACTGAGCAAGAGAACAACAGCTCACCGCCGTCTCAATCCGATACCGAGTCTATAGGTTACACACGATTCCAGCGTTCGTTCCTCCACTCAGAACTTGCAACATCGTAATGGACAGCGCAGTTCCGTCGTCGCGGCGGCGAAGCGGCGGTCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005510
ATGGACAGCGCAGTTCCGTCGTCGCGGCGGCGAAGCGGCGGTCGTGGAGGAACAAAGCCGCACAGTAAGAAAAGGAAGCAAAGAAGCACTGATGTTATCGAAGAGGTGCGAGAAAATTTAAAATCTGCTCGTGTCGATGAACCGGGCGGGGGGAAGGAAGAGCGTTCGCCGTGGAAGAATTTGCAGCTGATTCTGTCGCTACAAGACAAGAACGTCGATATTCTGAAGAACATTGATTTGGCATTTAATTATGCAAATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788502.1
MDSAVPSSRRRSGGRGGTKPHSKKRKQRSTDVIEEVRENLKSARVDEPGGGKEERSPWKNLQLILSLQDKNVDILKNIDLAFNYANSSNSEEMDDICQRSQVLDTSRTIVFVNNWIQSVLISSEKKTRHDEEAPQFETSVSIMDFRCWKIFHFCLEELKNLHMPLTCSRDILRVILAIARDASSFINKTASSVKKTLSRERLQIYDIVLDCVSMVFSFHGGVANKNLDLWILLMEKMIDSALKVVTCQLDGSKLGDFILQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器