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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005176

染色体: Chr01 坐标: 69503283-69504078 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005176
名称SmilChr01G005176
描述uncharacterized SmilChr01G005176
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69503283 - 69504078 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005511
GeneID131005511
locus_tag-
NCBI NameLOC131005511
原始查询LOC131005511

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816653]; symbol=AT2G21180; hit=AT2G21180; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816653]; symbol=AT2G21180; hit=AT2G21180; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G21180 (AT2G21180)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816653]
identity=51.9; qcov=0.963; evalue=8.46e-23; confidence=medium
RiceOs03g0249700
-
identity=42.1; qcov=0.993; evalue=6.43e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005511

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057788503.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057788503.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057788503.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057788503.1
5 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057788503.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69503555 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B129
Chr1:69503566 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr1:69503566 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B76
Chr1:69503713 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A3,B100,B111,B117,C12,C28,C30,C37,C39,C4,C41,C42,C64,C77,C84
Chr1:69503725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D3
Chr1:69503729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B70,C33,D4
Chr1:69503735 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 2 B94,C16
Chr1:69503735 CG C 1bp_deletion CDS_variant 2 B94,C16
Chr1:69503771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B12
Chr1:69503772 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 A19,B137
Chr1:69503772 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 A19,B137
Chr1:69503796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932520.1
AAATAAACGGCTAGAAACAGTCGACACAAGTTAAATTGAGTAGGCCGCACCACACCCAACCAAAACCGAACACATGCGCTTTCTCTCTCTCTCCATATTCAATAAATCAAATTAGGCCATCATTCTCAACTACCTCAGTAGTAAACACCCCAAAAAAAGAAACACCAACAAAACCCTCACTACTCAAAAACCTCAAATCATCGATCAAAATTCATGGCGTATGGAAGAAATCCGTATTCGTCTTCTTCAATTTTCGACAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005511
ATGGCGTATGGAAGAAATCCGTATTCGTCTTCTTCAATTTTCGACACTTTCTCTCTCAACCCCGTGCCCTACCCGGTCCTGCTGATCCTGGCCGTGGTCGCCCTCTTCCTCGGCTTCCAATGGTACGTCTCCTACGAGGACGTCGTGGAGGCGACGGAGGAGAGCATGGGATGGATGCTCATGGCGGCGCCGCTGCTGCTTCTCTTCGCCGTGCGCTGGATGTCGGACCGGGAGTACCCCGGGGGGTTGATCTTCGGATC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788503.1
MAYGRNPYSSSSIFDTFSLNPVPYPVLLILAVVALFLGFQWYVSYEDVVEATEESMGWMLMAAPLLLLFAVRWMSDREYPGGLIFGSTPWDRRRREYYLTAANEGSSPWGVLAAIVLLLVLVQYQSTFLESWFG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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