Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G000232`

染色体: Chr01 坐标: 4385411-4387143 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G000232`
名称	SmilChr01G000232
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	4385411 - 4387143 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005516`
GeneID	`131005516`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005516`
原始查询	`LOC131005516`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 9-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=26; qcov=0.531; evalue=1.65e-17; confidence=low
Rice	`Os12g0160900` - identity=30; qcov=0.686; evalue=6.64e-27; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005516

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788544.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788544.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788544.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788544.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057788544.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:4385435`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C33
`Chr1:4385713`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B56,B74,B96
`Chr1:4385713`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B56,B74,B96
`Chr1:4385859`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B55
`Chr1:4385862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr1:4385887`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,D3
`Chr1:4385925`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr1:4385963`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B78,C20,C87
`Chr1:4386408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B69,C7,C84,D3
`Chr1:4386444`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr1:4386462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B138,B55
`Chr1:4386484`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932561.1
ATGTACGGGTTGAAAAAGAGGTGGTCCTCTATCTTTACAAATCAGCGATTTTGTGCCGGCCTACATGCAACATCGCGTAGTGACGTTACAAGCAAGGTTATTAAGAACCTTTGTAGTGCAAGCACATCATTACATGATTTTGTGCTTAAGTTTGAAGAAGTACAAATTCAATGGCGGCGAAAAGAAGCTGAAGAGGATGCACTCTGTATAGGAATGCCAGGGTTATTTGTGCAAAACAATGAACTGTTGAGTAGTGCAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005516
ATGTACGGGTTGAAAAAGAGGTGGTCCTCTATCTTTACAAATCAGCGATTTTGTGCCGGCCTACATGCAACATCGCGTAGTGACGTTACAAGCAAGGTTATTAAGAACCTTTGTAGTGCAAGCACATCATTACATGATTTTGTGCTTAAGTTTGAAGAAGTACAAATTCAATGGCGGCGAAAAGAAGCTGAAGAGGATGCACTCTGTATAGGAATGCCAGGGTTATTTGTGCAAAACAATGAACTGTTGAGTAGTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788544.1
MYGLKKRWSSIFTNQRFCAGLHATSRSDVTSKVIKNLCSASTSLHDFVLKFEEVQIQWRRKEAEEDALCIGMPGLFVQNNELLSSAAKFLTRSVFRKLEHEASYSMNVDLIKGPSSYASDDIEFTVSSGNSGGNPRVVKFNRSSDLATCTCRLFETAGILCSHIFNIYYLMNVKSIPKEYLLTRLSRLAKNRISMNLDFGNAVENDPELHISSLAFVNQLMWSTYDLAEYAKLHSDKRDLIMNRLASLREEVYGCETRAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器