Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005233`

染色体: Chr01 坐标: 69912300-69919203 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005233`
名称	SmilChr01G005233
描述	uncharacterized SmilChr01G005233
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	69912300 - 69919203 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005569`
GeneID	`131005569`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005569`
原始查询	`LOC131005569`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=37.1; qcov=0.08; evalue=2e-19; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=35; qcov=0.279; evalue=1.19e-77; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13650 (Asp_protease_2); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005569

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057788562.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057788562.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057788562.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057788562.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788562.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:69918641`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:69918679`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr1:69918695`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B100,C34,C48,C5
`Chr1:69918709`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B92
`Chr1:69918710`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr1:69918715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:69918719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C14,C49,C59,C60
`Chr1:69918748`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C29
`Chr1:69918753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr1:69918754`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr1:69918765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788562.1

1647 aa

824

1647

Asp_protease_2

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF13650 Asp_protease_2 632-726 aa PF00078 RVT_1 984-1146 aa PF17919 RT_RNaseH_2 1210-1308 aa PF17917 RT_RNaseH 1238-1338 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788562.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	632	726	1.8e-06	29.3	Aspartyl protease
`XP_057788562.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	984	1146	8.9e-30	104.8	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057788562.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	1210	1308	2e-32	111.9	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057788562.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	1238	1338	1.8e-37	128.4	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932579.1
TATCACAATACACCATTCCAGACGGCAACTTTGAAGCAAAATTGTGGATGCAAATTTGGAGTTCTCAATTCAAGTTTTATTCCTTCATCTTTCCTTTGCAATTAATTATTTATTTTGTTTGATTTATTTTTATTATGAGTTCTAGCTAAATTTCTATATTCCGGCATTGATTAGGGAAGCACTAGCGAAATTATTCTGTGAGATCTAATTGTTCTTATACTTTATTTTTATGCTTGCATCTGCGATTCTCCATGTTTAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005569
ATGCCCCGTTCTTCTCGTACAGGCGTATTAGTTTTTGATCCAGAAATCGAGAAGACTGCACGAAAGTTGAAGAAGCAAGCTAAGGAGTGGAAAAAGAGATCCAATTCTGCTCCACCGAGTCTTGAGGATAAAGAAGAAATTAAAGATCCAATGGGTGACCGTAATAATAGGGATGAGGAGAATGATAGAGAGATCGTTGATCCTCGACAGGAACCACCTCAACTGATCAGAGAGTTAGGCCGTCATAGAAGCAATCGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788562.1
MPRSSRTGVLVFDPEIEKTARKLKKQAKEWKKRSNSAPPSLEDKEEIKDPMGDRNNRDEENDREIVDPRQEPPQLIRELGRHRSNRPLCIVLPAINGNAEIRPGFIQVLPKFGDLPGESAHKHLAEFDLVCSTLRPHGFTENNLRLLTFSHTLQGRARDWLFDLPPGSIRIWGDLEEQFLRKFFPESRAANLRMAISSIKQKKAESLADYWERFQQLCRKCPDHGFSDYQLLTNYFYRGMSSFDRKIVDAACGGSLTNKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器