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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005241

染色体: Chr01 坐标: 69957988-69958531 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005241
名称SmilChr01G005241
描述auxin-induced protein 15A-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向69957988 - 69958531 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005576
GeneID131005576
locus_tag-
NCBI NameLOC131005576
原始查询LOC131005576

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述auxin-induced protein 15A-like
产物auxin-induced protein 15A-like
ArabidopsisAT2G21210 (AT2G21210)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816658]
identity=55.2; qcov=1.09; evalue=8.61e-34; confidence=medium
RiceOs02g0445600 (OsSAUR9)
-
identity=44.2; qcov=1.08; evalue=6.64e-21; confidence=medium
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005576

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788567.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788567.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057788567.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788567.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788567.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:69958185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C1
Chr1:69958252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:69958266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B140,B36,B93,C33
Chr1:69958269 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:69958270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr1:69958274 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B101,B32,B94,C37
Chr1:69958287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:69958288 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:69958356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C1,D11
Chr1:69958357 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B140,B36,B93,C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788567.1
88 aa
N
1
44
88
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 9-86 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788567.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 9 86 1.2e-23 83.8 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932584.1
TACAACACATTTCTCATCTTCAACCATCAACAACAAGCCTTCTTCAGCTCTCTTCTTGATTTTGATTTCTTTCACAGCTACTTGACTTGAAAGAAAATAAAAAAACTTGTCCTTTCACTCATTCGATTAGTTCGACAATGGCCATCCGCCAGATGCTGAGACGGTCTTTATCCAGCGAGAGAAGGTCAGCCGAAGTTCCCAAGGGGCATCTTGCTGTTTATGTTGGTGATAATGAAAAGAAACGGTTTGTGATTCCAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005576
ATGGCCATCCGCCAGATGCTGAGACGGTCTTTATCCAGCGAGAGAAGGTCAGCCGAAGTTCCCAAGGGGCATCTTGCTGTTTATGTTGGTGATAATGAAAAGAAACGGTTTGTGATTCCAGTGGCGTACTTGAACTACCCCTCGTTTCAAGAGTTGTTGTTTCAAGCTGAGGAAGAATTCGGGTTCAATCACCCTATGGGCGGCCTCACCATCCCTTGCAGTCAAGAATTATTTGTAGATTTAATCTCTGCTTTCAGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788567.1
MAIRQMLRRSLSSERRSAEVPKGHLAVYVGDNEKKRFVIPVAYLNYPSFQELLFQAEEEFGFNHPMGGLTIPCSQELFVDLISAFSSR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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