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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005322`

染色体: Chr01 坐标: 70442007-70445137 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005322`
名称	SmilChr01G005322
描述	uncharacterized SmilChr01G005322
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70442007 - 70445137 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005647`
GeneID	`131005647`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005647`
原始查询	`LOC131005647`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase III RPC4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830797]; symbol=AT5G09380; hit=AT5G09380; species=arabidopsis; confidence=high
产物	RNA polymerase III RPC4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830797]; symbol=AT5G09380; hit=AT5G09380; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G09380` (AT5G09380) RNA polymerase III RPC4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830797] identity=46.3; qcov=0.948; evalue=1.1e-74; confidence=high
Rice	`Os04g0394500` (OsRPC53) - identity=43.7; qcov=1.02; evalue=1.39e-67; confidence=medium
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0005666 (RNA polymerase III complex); GO:0006383 (transcription by RNA polymerase III)
KEGG	smil03020 (RNA polymerase - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF05132 (RNA_pol_Rpc4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788637.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057788637.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788638.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788638.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788638.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70442272`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	49	A11,A13,A16,A18,A25,A8,B108,B122,B128,B131,B134,B139,B14,B140,B17,B2,B21,B29,B35,B46,B56,B59,B60,B61,B62,B63,B76,B77,B8,B88,B96,B97,C10,C23,C27,C30,C32,C36,C52,C68,C71,C75,C77,C78,C83,C87,D1,D3,D6
`Chr1:70442566`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D6
`Chr1:70442566`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D6
`Chr1:70442606`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	B108,B56,B96,B97,C23,C52,D3
`Chr1:70442631`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B4
`Chr1:70442631`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B4
`Chr1:70442694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr1:70442711`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B104,B140,B46,B50
`Chr1:70442711`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B104,B140,B46,B50
`Chr1:70442733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr1:70443102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:70443202`	`G`	`GCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788637.1

288 aa

144

288

RNA_pol_Rpc4

PF05132 RNA_pol_Rpc4 165-242 aa

XP_057788638.1

287 aa

144

287

RNA_pol_Rpc4

PF05132 RNA_pol_Rpc4 165-277 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788637.1`	Pfam	`PF05132`	RNA_pol_Rpc4	Family	165	242	5.5e-14	53.3	RNA polymerase III RPC4
`XP_057788638.1`	Pfam	`PF05132`	RNA_pol_Rpc4	Family	165	277	9.6e-28	97.9	RNA polymerase III RPC4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932655.1
TTAGCTCAATTGGTTAGAAGAGAATAAATGAATAAAGGCCCAACCACGACACCGCCGCCATCACCTTTCTGAATTAATCGACACCGCCCTAACTCCGCTGCCTCACCTCACCCCCTTGCGCCGGCTGCCGCCGATCAACCACGACACCGCTGCCATCACTTTCTCTCAAAACCTAAATCCCCCGCCCCAGCCCTTCTAGCCACTGTCGCCGGTAAACCTCAACGCCGCCGCCGATCGTTGCTAGAGGATAGTCGACCAAA...

XM_057932654.1
TTAGCTCAATTGGTTAGAAGAGAATAAATGAATAAAGGCCCAACCACGACACCGCCGCCATCACCTTTCTGAATTAATCGACACCGCCCTAACTCCGCTGCCTCACCTCACCCCCTTGCGCCGGCTGCCGCCGATCAACCACGACACCGCTGCCATCACTTTCTCTCAAAACCTAAATCCCCCGCCCCAGCCCTTCTAGCCACTGTCGCCGGTAAACCTCAACGCCGCCGCCGATCGTTGCTAGAGGATAGTCGACCAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005647
ATGGATCCTGATCCGTTGGCTGGTTCCACCGGCAATGCGCCAAGGAAGGTGAAATTTAAACCAAAAGCTCCTCCCAAGAGAGTTAAAAAAGAAGTCCTCCCTAAAGCTGAGAAAGAAGAAGATGACATTGATGAGGCGAAGGCAGAGCATCTTCTACGCCGCTTTCATGAAACATCTTCAGGGAGGCCTAAGACTGAAAAGAAAGTTACGCTTGCTCAAGTTGCATTTGGTATTGGAGGATCATCTGGAAACATTAAGTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788637.1
MDPDPLAGSTGNAPRKVKFKPKAPPKRVKKEVLPKAEKEEDDIDEAKAEHLLRRFHETSSGRPKTEKKVTLAQVAFGIGGSSGNIKSYRPANDASSGFAKVAKEYKEPWDYYTYYPVTLPVRRPYAGNPELLDMEEFGEDQERPESEELATNAAQELGLLDEGQENNMFFLQLPRMLPTIAHSSDSKVPEPKSTNPLKGRDKSQNPCKLDSLQEGLIGKMLVYKSGAVKLKIGDAIYDLFAGICRTEVYVCSRCCCHQCG...

XP_057788638.1
MDPDPLAGSTGNAPRKVKFKPKAPPKRVKKEVLPKAEKEEDDIDEAKAEHLLRRFHETSSGRPKTEKKVTLAQVAFGIGGSSGNIKSYRPANDASSGFAKVAKEYKEPWDYYTYYPVTLPVRRPYAGNPELLDMEEFGEDQERPESEELATNAAQELGLLDEGQENNMFFLQLPRMLPTIAHSSDSKVPEPKSTNPLKGRDKSQNPCKLDSLQEGLIGKMLVYKSGAVKLKIGDAIYDVSAGLKCMFAQDVVAINAERKH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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