Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005325`

染色体: Chr01 坐标: 70466763-70478989 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005325`
名称	SmilChr01G005325
描述	protein RST1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70466763 - 70478989 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005651`
GeneID	`131005651`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005651`
原始查询	`LOC131005651`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RST1
产物	protein RST1
Arabidopsis	`AT3G27670` (RST1) ARM repeat superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822389] identity=44.5; qcov=1; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os01g0169500` - identity=38.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0060147 (regulation of post-transcriptional gene silencing)
KEGG	-
Pfam	PF12530 (DUF3730)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005651

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788652.1`
2	Nucleus membrane	核膜	0.40000	`XP_057788655.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057788655.1`
4	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057788655.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788652.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70467132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr1:70467182`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B139,B140,B36,C1,C33
`Chr1:70467271`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr1:70468280`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B66,B90,B92
`Chr1:70468350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B59,C83
`Chr1:70468414`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr1:70468471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:70468479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr1:70468551`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr1:70468640`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr1:70468928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B4
`Chr1:70469234`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788652.1

1849 aa

924

1849

DUF3730

PF12530 DUF3730 77-355 aa PF12530 DUF3730 548-748 aa

XP_057788653.1

1849 aa

924

1849

DUF3730

PF12530 DUF3730 77-355 aa PF12530 DUF3730 548-748 aa

XP_057788654.1

1846 aa

923

1846

DUF3730

PF12530 DUF3730 77-338 aa PF12530 DUF3730 545-745 aa

XP_057788655.1

1603 aa

802

1603

DUF3730

PF12530 DUF3730 7-109 aa PF12530 DUF3730 302-502 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788652.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	77	355	3.7e-91	305.4	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788652.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	548	748	3.7e-91	305.4	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788653.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	77	355	3.7e-91	305.4	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788653.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	548	748	3.7e-91	305.4	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788654.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	77	338	4.3e-89	298.7	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788654.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	545	745	4.3e-89	298.7	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788655.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	7	109	1.2e-70	238.3	Focadhesin/RST1, DUF3730
`XP_057788655.1`	Pfam	`PF12530`	DUF3730	Repeat	302	502	1.2e-70	238.3	Focadhesin/RST1, DUF3730

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932671.1
CTCCTTTTCCCTCCGGTTCCTACTTTTCCTTCTGAACTGAAAATGGATTCCTACACTCCACTGTTAGAGAAGACTCGAATACCGCAACCTTCACTCCAGAAGCTCGCAGTCGCCTCAATCTTCGAGAAATTCCGCTCGGCGCCGCCGTCTGCTGTCGGACTCGACGCCGTCAGCCGGTGCCTCCGGTCCACCTCCGCGGCGGTGGTCGATCAGTCGACTCGAGAACTCTGCCGCCTCGTTAAGGACGAGAAATTCGATGT...

XM_057932670.1
CTCCTTTTCCCTCCGGTTCCTACTTTTCCTTCTGAACTGAAAATGGATTCCTACACTCCACTGTTAGAGAAGACTCGAATACCGCAACCTTCACTCCAGAAGCTCGCAGTCGCCTCAATCTTCGAGAAATTCCGCTCGGCGCCGCCGTCTGCTGTCGGACTCGACGCCGTCAGCCGGTGCCTCCGGTCCACCTCCGCGGCGGTGGTCGATCAGTCGACTCGAGAACTCTGCCGCCTCGTTAAGGACGAGAAATTCGATGT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131005651
ATGGATTCCTACACTCCACTGTTAGAGAAGACTCGAATACCGCAACCTTCACTCCAGAAGCTCGCAGTCGCCTCAATCTTCGAGAAATTCCGCTCGGCGCCGCCGTCTGCTGTCGGACTCGACGCCGTCAGCCGGTGCCTCCGGTCCACCTCCGCGGCGGTGGTCGATCAGTCGACTCGAGAACTCTGCCGCCTCGTTAAGGACGAGAAATTCGATGTCGCCGATGGATTGTTGGAGCTGCAGTCCGCGCTCGAGGATGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057788652.1
MDSYTPLLEKTRIPQPSLQKLAVASIFEKFRSAPPSAVGLDAVSRCLRSTSAAVVDQSTRELCRLVKDEKFDVADGLLELQSALEDASNPQFAAVFTKAIGLLTRLGFERNPSSFRFSSSENHPFVKILSCGTEVQGGLIKEVVVLIMKCKYLGMEAVCEFLGPFLNYSFIQVPISGSCSTYLRNLVSTMAAFCCSSPEEAIPIIKLLTGRLKYISCKNAEEVANTSAIFECLVGAYQVVLRQLVRMGLLIDEAQQCGLE...

XP_057788653.1
MDSYTPLLEKTRIPQPSLQKLAVASIFEKFRSAPPSAVGLDAVSRCLRSTSAAVVDQSTRELCRLVKDEKFDVADGLLELQSALEDASNPQFAAVFTKAIGLLTRLGFERNPSSFRFSSSENHPFVKILSCGTEVQGGLIKEVVVLIMKCKYLGMEAVCEFLGPFLNYSFIQVPISGSCSTYLRNLVSTMAAFCCSSPEEAIPIIKLLTGRLKYISCKNAEEVANTSAIFECLVGAYQVVLRQLVRMGLLIDEAQQCGLE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器