Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005327`

染色体: Chr01 坐标: 70480266-70483251 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005327`
名称	SmilChr01G005327
描述	protein CONSERVED IN THE GREEN LINEAGE AND DIATOMS 27, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70480266 - 70483251 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005655`
GeneID	`131005655`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005655`
原始查询	`LOC131005655`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CONSERVED IN THE GREEN LINEAGE AND DIATOMS 27, chloroplastic
产物	protein CONSERVED IN THE GREEN LINEAGE AND DIATOMS 27%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G67370` (CGLD27) DUF1230 family protein (DUF1230) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836872] identity=76.8; qcov=0.883; evalue=1.19e-144; confidence=high
Rice	`Os03g0439700` - identity=76.2; qcov=0.876; evalue=6.21e-130; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF06799 (CGLD27-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005655

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788660.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057788660.1`
3	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	1.00000	`XP_057788660.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788660.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788660.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70480344`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B82,B93
`Chr1:70480610`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788660.1

307 aa

154

307

CGLD27-like

PF06799 CGLD27-like 65-206 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788660.1`	Pfam	`PF06799`	CGLD27-like	Family	65	206	7.8e-56	188.9	Conserved in the green lineage and diatoms 27

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932677.1
ATGCTTGGATTGAACCTCTACTGTTGCATAGTCCCATGCTGTAGACAGGCCAAGTATGGAAGCAGCTTCAACACAATAGTTCCGCAGCGGAGAAACGAGGTTTCGCATGGAAGAATGAGATTTAGAGTGAGGGCACTGAAAGATGAAAAGAATGGAGCACCTGGTCAGAGCTGGGATCCCGGTTTGGAGATCGAGGTCCCGTTCGAACAACGCCCGGTAAACGAGTACTCGTCTCTGAAAGACGAGACCTTATACTCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005655
ATGCTTGGATTGAACCTCTACTGTTGCATAGTCCCATGCTGTAGACAGGCCAAGTATGGAAGCAGCTTCAACACAATAGTTCCGCAGCGGAGAAACGAGGTTTCGCATGGAAGAATGAGATTTAGAGTGAGGGCACTGAAAGATGAAAAGAATGGAGCACCTGGTCAGAGCTGGGATCCCGGTTTGGAGATCGAGGTCCCGTTCGAACAACGCCCGGTAAACGAGTACTCGTCTCTGAAAGACGAGACCTTATACTCGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788660.1
MLGLNLYCCIVPCCRQAKYGSSFNTIVPQRRNEVSHGRMRFRVRALKDEKNGAPGQSWDPGLEIEVPFEQRPVNEYSSLKDETLYSWADLSPGSFFLRLGGLWLVTFTVLGVPIAAASFNPSKDPLRFVLAAGTGTLFLVSLIVLRIYLGWSYVGDRLLSAVIPYEETGWYDGQMWVKPPEILARDRLLGSYKVKPVIKLLKQTLVGTGALLVAAVSLFIFATPVEEFIQKTFVQKENLSNISTSKTADKINIRKEELLR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器