当前解析结果
SmilChr01G005348| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005348 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005348 |
| 描述 | formin-like protein 14 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 70724954 - 70726316 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005677 |
|---|---|
| GeneID | 131005677 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005677 |
| 原始查询 | LOC131005677 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 14 |
| 产物 | formin-like protein 14 |
| Arabidopsis | AT1G07310 (AT1G07310)Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837242] identity=38.2; qcov=1.12; evalue=1.87e-46; confidence=medium |
| Rice | Os01g0853800- identity=57.3; qcov=0.448; evalue=1.12e-41; confidence=low |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005677 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057788692.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057788692.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057788692.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788692.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788692.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:70725163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr1:70725292 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B9 |
Chr1:70725324 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr1:70725412 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B28,B99,C38,C67 |
Chr1:70725697 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr1:70725786 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B122,C63,C67 |
Chr1:70725809 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B140,B97 |
Chr1:70725978 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B122,C63,C67 |
Chr1:70725993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A15 |
Chr1:70725999 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B84 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788692.1PF00168
C2 16-109 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788692.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 16 | 109 | 4e-13 | 50.2 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。