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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005348

染色体: Chr01 坐标: 70724954-70726316 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005348
名称SmilChr01G005348
描述formin-like protein 14
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向70724954 - 70726316 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005677
GeneID131005677
locus_tag-
NCBI NameLOC131005677
原始查询LOC131005677

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述formin-like protein 14
产物formin-like protein 14
ArabidopsisAT1G07310 (AT1G07310)
Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837242]
identity=38.2; qcov=1.12; evalue=1.87e-46; confidence=medium
RiceOs01g0853800
-
identity=57.3; qcov=0.448; evalue=1.12e-41; confidence=low
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005677

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057788692.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057788692.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788692.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788692.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788692.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:70725163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr1:70725292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr1:70725324 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr1:70725412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B28,B99,C38,C67
Chr1:70725697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr1:70725786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B122,C63,C67
Chr1:70725809 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B97
Chr1:70725978 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,B122,C63,C67
Chr1:70725993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr1:70725999 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788692.1
319 aa
N
1
160
319
C2
C
PF00168 C2 16-109 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788692.1 Pfam PF00168 C2 Domain 16 109 4e-13 50.2 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932709.1
ATGGTTTTAAAGGGCTCATGGTCTAGCTCGAGCCTTGATGGTTCAAGCTGGGACCGCAAAAGACAAATGGAGTAACTTTTTCGCCTAACCAGTTCGCCAAATTGACAAACAATCCCAATCTTCTCATTCTACAATCTACACTATCCTTCGCACTCCAACTTTTTTCCGCGGCGCACGTTACCCGACGCCACCAAACCGCCTCCGCCATGGCCACCGGCACCACTCATCGGCCGCAACCGAAGCTCTACGATCTCGATGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005677
ATGGCCACCGGCACCACTCATCGGCCGCAACCGAAGCTCTACGATCTCGATGTCACAATCGTCTCCGCTAAGCACCTGAAGAACGTCAATTGGAGGAACGGCGATCTCAAACCCTACGTCATCCTGTGGGTCGACCCGGACCGCCGCCAGGCCACCAAGCCCGACGACTCCGGATCTACCCGACCCGTTTGGAACGAGCGATTCGTTCTACCGCTCAGTCTCCCGCTCAGGGACTCCGCCCTAACGCTGGAAGTCTTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788692.1
MATGTTHRPQPKLYDLDVTIVSAKHLKNVNWRNGDLKPYVILWVDPDRRQATKPDDSGSTRPVWNERFVLPLSLPLRDSALTLEVFHSKPSETSKPLVGAHRFELRDLLGDSADSAIRLRTFELLRPSGRPHGKIRLKIGLVERPVENYHPAPATGYYNFSAPPPPMPYRGYSPSPYSTLPPPSSFSPPPQPYYSYSDPHSGYYSSYYSPSPAPPPPPPARPFLERPLQSQSSYGGSGASGPSAPVDYTPYDYHKRSLGK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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