Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005356`

染色体: Chr01 坐标: 70787978-70793341 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005356`
名称	SmilChr01G005356
描述	LOB domain-containing protein 36-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70787978 - 70793341 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005685`
GeneID	`131005685`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005685`
原始查询	`LOC131005685`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	LOB domain-containing protein 36-like
产物	LOB domain-containing protein 36-like
Arabidopsis	`AT5G66870` (ASL1) ASYMMETRIC LEAVES 2-like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836821] identity=57.2; qcov=0.93; evalue=6.79e-79; confidence=high
Rice	`Os03g0612400` (OsSTA104) - identity=70.6; qcov=0.444; evalue=5.62e-56; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03195 (LOB)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005685

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057788699.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788699.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788699.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788699.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057788699.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70788787`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B135,B52,C30,C57
`Chr1:70788902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D6
`Chr1:70788902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr1:70789183`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr1:70789201`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C53
`Chr1:70789330`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B36,C47,C8
`Chr1:70789345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B36,C47,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788699.1

284 aa

142

284

LOB

PF03195 LOB 7-104 aa

XP_057788700.1

284 aa

142

284

LOB

PF03195 LOB 7-104 aa

XP_057788701.1

284 aa

142

284

LOB

PF03195 LOB 7-104 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788699.1`	Pfam	`PF03195`	LOB	Family	7	104	2.3e-41	141.1	Lateral organ boundaries (LOB) domain
`XP_057788700.1`	Pfam	`PF03195`	LOB	Family	7	104	2.3e-41	141.1	Lateral organ boundaries (LOB) domain
`XP_057788701.1`	Pfam	`PF03195`	LOB	Family	7	104	2.3e-41	141.1	Lateral organ boundaries (LOB) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932718.1
ATTCAGATGAATGGAGCGGAGTTACGGGGCTGTACCAATTAAACAAGAGCCCACAATAAAAGGAAAAGAATAAATAAGCCCTCTCATATCTTAACTCACACGCTTTCAGTTTGCAGATCTCCATCGCGATTTCATCCCCAAAACTCCATCGCAATCTCTCATCCCCAAATTCCCAAACCCTTAAAAAATAAAATAAAATATCGTGCAGTTTGCAGATCTCCGTCGCAATCTCATCCCCAATTTCCGAAACCCTAGCGGCG...

XM_057932717.1
AGATGAATGGAGCGGAGTTACGGGGCTGTACCAATTAAACAAGAGCCCACAATAAAAGGAAAAGAATAAATAAGCCCTCTCATATCTTAACTCACACGCTTTCAGTTTGCAGATCTCCATCGCGATTTCATCCCCAAAACTCCATCGCAATCTCTCATCCCCAAATTCCCAAACCCTTAAAAAATAAAATAAAATATCGTGCAGTTTGCAGATCTCCGTCGCAATCTCATCCCCAATTTCCGAAACCCTAGCGGCGCCTG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131005685
ATGTCGTCTTCAAACTCGCCGTGCGCCGCGTGCAAGTGCCTCCGGCGGAAGTGCACGCAGGAGTGCGTGTTCGCGCCGTATTTCCCGCCGGACAATCCGCAGAAGTTCACGAACGTGCATAAAGTCTTCGGCGCCAGCAACGTCTCGAAGCTTCTGAACGAGCTGAACGCCAGCCAGCGGGAGGACGCCGTGAACTCCCTCGCCTACGAGGCCGAGTACCGCCTCCGGGACCCCGTCTACGGCTGCGTCGGCCTCATCTC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057788699.1
MSSSNSPCAACKCLRRKCTQECVFAPYFPPDNPQKFTNVHKVFGASNVSKLLNELNASQREDAVNSLAYEAEYRLRDPVYGCVGLISILQQKLKQVQLDLDNAKKELATYIGPSAMLPIYNHPQHHSNYGPSGYQMLPYNVQPITQGMAQLMIREQQQQQQQFLEAHQLAAAAREQEMMRSYEQQQNHELMRFNGGGFDDGPVTATGFNQIGGGGAPSLALGSSYEAIPEQQQQSNYHLQQQLQQDLLLQHSNHQAPPPQ...

XP_057788700.1
MSSSNSPCAACKCLRRKCTQECVFAPYFPPDNPQKFTNVHKVFGASNVSKLLNELNASQREDAVNSLAYEAEYRLRDPVYGCVGLISILQQKLKQVQLDLDNAKKELATYIGPSAMLPIYNHPQHHSNYGPSGYQMLPYNVQPITQGMAQLMIREQQQQQQQFLEAHQLAAAAREQEMMRSYEQQQNHELMRFNGGGFDDGPVTATGFNQIGGGGAPSLALGSSYEAIPEQQQQSNYHLQQQLQQDLLLQHSNHQAPPPQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器