Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005377`

染色体: Chr01 坐标: 70990844-70995312 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005377`
名称	SmilChr01G005377
描述	phosphoinositide phospholipase C 6-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	70990844 - 70995312 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005706`
GeneID	`131005706`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005706`
原始查询	`LOC131005706`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phosphoinositide phospholipase C 6-like
产物	phosphoinositide phospholipase C 6-like
Arabidopsis	`AT2G40116` (AT2G40116) Phosphoinositide-specific phospholipase C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818602] identity=60; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0289300` (OsPLC2) - identity=55.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004435 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity); GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0048015 (phosphatidylinositol-mediated signaling)
KEGG	smil00562 (Inositol phosphate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04070 (Phosphatidylinositol signaling system - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00168 (C2); PF00387 (PI-PLC-Y); PF00388 (PI-PLC-X)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005706

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057788727.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057788727.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057788727.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788727.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788727.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:70991374`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr1:70991379`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B46,C2,C65,D7
`Chr1:70991975`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B86,B9,C48
`Chr1:70992401`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B70,C11,C69
`Chr1:70992595`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C82
`Chr1:70992958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr1:70993266`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr1:70994687`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:70994761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788727.1

589 aa

294

589

PI-PLC-X

PI-PLC-Y

PF00388 PI-PLC-X 116-258 aa PF00387 PI-PLC-Y 353-438 aa PF00168 C2 482-563 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788727.1`	Pfam	`PF00388`	PI-PLC-X	Family	116	258	1.7e-48	164.7	Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, X domain
`XP_057788727.1`	Pfam	`PF00387`	PI-PLC-Y	Family	353	438	1.4e-26	93.7	Phosphatidylinositol-specific phospholipase C, Y domain
`XP_057788727.1`	Pfam	`PF00168`	C2	Domain	482	563	4e-14	53.4	C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932744.1
AGTGAGTAATTTGTTTGTAATAATGCATTAACATGGATCCAGCCTCACATTGTCCTTAATTTTAGCTTTCTTCTTCCTCAATCCAAATTCCCTCAACTTTTTTCTTCCCAAAACCACATTCCATCTATCTTTTCATCTTTTTCCCTTTTTTTTTTTTTTGAATTTTCTGCTGTAACAATTCATGGTTACGTGATTATTCCCACCACTTTCTTCCTCCCAAAACCAAAACCACAACCACGTTAATTTCATCCTTTTTCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005706
ATGGGGAGCTACAATTATTACAAGATGTTCGGGTGCTTCAACCGGAAGTTCAAGATCAGCGAGTCGGAGCCGCCGCCGGACGTGAGAGAGGCGTTCTGGCGGTTCACGGCGGGGGCGCAGCAGATGACGGCGGAGCAGCTGCTCAAGTTCATGGTGCAGCACCAGGAGGATTACAACTGCACCGCCGTGGACGTGCAGGATATCATGCAGCACGTCTTCCACCGCCGCCACCACCACAACCTCCAACAAGAGATTAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788727.1
MGSYNYYKMFGCFNRKFKISESEPPPDVREAFWRFTAGAQQMTAEQLLKFMVQHQEDYNCTAVDVQDIMQHVFHRRHHHNLQQEIKHLAFTLEDFFYFLFQDDLNGPINPQVHHDMTAPLHHYFIYTGHNSYLTGNQLSSDCSEIPIVRALENGVRGIELDLWPNSTKDNVHVLHGRTLTTPVPLIKCFKSIKEHAFVKSPYPVIITLEDHLTPELQARVAEMAIRIFGESLYCPESGCVEEFPPVESLRHKIILSTKPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器