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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005422

染色体: Chr01 坐标: 71407830-71413800 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005422
名称SmilChr01G005422
描述pumilio homolog 4-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71407830 - 71413800 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005748
GeneID131005748
locus_tag-
NCBI NameLOC131005748
原始查询LOC131005748

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pumilio homolog 4-like
产物pumilio homolog 4-like
ArabidopsisAT3G10360 (PUM4)
pumilio 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820198]
identity=47.8; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0844800
-
identity=62.4; qcov=0.51; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0010608 (post-transcriptional regulation of gene expression)
KEGG-
PfamPF00806 (PUF); PF07990 (NABP); PF22493 (PUF_NOP9)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005748

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788787.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057788787.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057788787.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057788787.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057788787.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71408277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C8
Chr1:71408522 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr1:71408564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B130,C49,D11
Chr1:71408572 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:71408645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B130,B15,C49,D11
Chr1:71409034 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B5,D10
Chr1:71409039 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B115
Chr1:71409039 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 B115
Chr1:71409053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,B65
Chr1:71409184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B58
Chr1:71409914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:71410019 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788787.1
975 aa
N
1
488
975
NABP
NABP
PUF
PUF
PUF
PUF_NOP9
PUF
PUF
PUF
PUF
PUF
C
PF07990 NABP 282-454 aa PF07990 NABP 471-637 aa PF00806 PUF 642-676 aa PF00806 PUF 680-711 aa PF00806 PUF 714-736 aa PF22493 PUF_NOP9 752-834 aa PF00806 PUF 757-780 aa PF00806 PUF 786-821 aa PF00806 PUF 824-856 aa PF00806 PUF 859-893 aa PF00806 PUF 905-934 aa
XP_057788788.1
975 aa
N
1
488
975
NABP
NABP
PUF
PUF
PUF
PUF_NOP9
PUF
PUF
PUF
PUF
PUF
C
PF07990 NABP 282-454 aa PF07990 NABP 471-637 aa PF00806 PUF 642-676 aa PF00806 PUF 680-711 aa PF00806 PUF 714-736 aa PF22493 PUF_NOP9 752-834 aa PF00806 PUF 757-780 aa PF00806 PUF 786-821 aa PF00806 PUF 824-856 aa PF00806 PUF 859-893 aa PF00806 PUF 905-934 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788787.1 Pfam PF07990 NABP Domain 282 454 2.2e-39 136.7 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057788787.1 Pfam PF07990 NABP Domain 471 637 2.2e-39 136.7 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 642 676 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 680 711 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 714 736 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF22493 PUF_NOP9 Repeat 752 834 3.5e-21 76.4 NOP9-like PUF repeat domain
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 757 780 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 786 821 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 824 856 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 859 893 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788787.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 905 934 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF07990 NABP Domain 282 454 2.2e-39 136.7 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057788788.1 Pfam PF07990 NABP Domain 471 637 2.2e-39 136.7 Nucleic acid binding protein NABP
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 642 676 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 680 711 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 714 736 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF22493 PUF_NOP9 Repeat 752 834 3.5e-21 76.4 NOP9-like PUF repeat domain
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 757 780 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 786 821 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 824 856 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 859 893 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat
XP_057788788.1 Pfam PF00806 PUF Repeat 905 934 6.1e-82 269.1 Pumilio-family RNA binding repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932804.1
TTGGCTTATTCTCTTTCATTCCAGTTTCGCAAAATCTCCACCTTGTACGCTGCAAACATTTCCGAATTCCACACGTCAAACAACTGATCCACGAATGATTTCAGATACCCTTTTCGATCTTAAACAACCCCATCTCCTTAACATCAATGATTCATTTTCAAAATTGAGAAGTGATTTGTTGTTGTTCCATCCAATGTGAAATTGAATTGTGGGTTAGGGATTTAGACATTGTAGTATCATGATGAGAGGATCGAGTTCGA...
XM_057932805.1
ATTTTCGTAAGTTTGTTAATTTTCTGCATGCATGAATGATGCCCGCCCTTCTACATTCTGTTAATTCTTGATTTAATGTGATAAATGAAGTTTGATGTGTTCGTCGCCACTCAAGATCGATTTTGTTCTAAAATGGAATTTGCGATTGTTCATCAACATTTCAAAGATTTCGGTTGATGGTGTGCGATATGGTTTGCATGATTTTGAATTCGGTTCGAATTAGGTCTGATTTCATTTCTGCTGTTTAATTGTGCAGAAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005748
ATGATGAGAGGATCGAGTTCGAATGAGAAATTAGACATCAATGCTAGCTTAGAGAGTGAGCTTGAAGCATTGTTGCTACATCAGCAGCGAAATCGAGGTTTGATTGTTGAGAGAGAAAGGAGTTTGGAGATAAATAGAAGCGGCAGTGCCCCTCCCTCAGTGGAGGGTGCTTTGCTTGCTGCAGGGAGTCTGCTTAGGCATCCCAATTTCGTGAAGCTCGACGCCGCTGGTGGTAGTAGCAGTGGTAGTGTTGATAGCAT...
LOC131005748
ATGATGAGAGGATCGAGTTCGAATGAGAAATTAGACATCAATGCTAGCTTAGAGAGTGAGCTTGAAGCATTGTTGCTACATCAGCAGCGAAATCGAGGTTTGATTGTTGAGAGAGAAAGGAGTTTGGAGATAAATAGAAGCGGCAGTGCCCCTCCCTCAGTGGAGGGTGCTTTGCTTGCTGCAGGGAGTCTGCTTAGGCATCCCAATTTCGTGAAGCTCGACGCCGCTGGTGGTAGTAGCAGTGGTAGTGTTGATAGCAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788787.1
MMRGSSSNEKLDINASLESELEALLLHQQRNRGLIVERERSLEINRSGSAPPSVEGALLAAGSLLRHPNFVKLDAAGGSSSGSVDSIGVLTEEEIRSHPAYLEYYYSHQNFNPRLPPPLLSKEDWRVAQRVRAAGRNVVDNGGGSGVLLYSMPVGLSVKKAEDEMIELRKAALRNMSRKNSTESLDKGMMGASSSGMGVRRKSFADILQEGCGQPTKSHLSRPASQSSVADVADTLPNSNAAEPFEALHPEKTLTGLSNT...
XP_057788788.1
MMRGSSSNEKLDINASLESELEALLLHQQRNRGLIVERERSLEINRSGSAPPSVEGALLAAGSLLRHPNFVKLDAAGGSSSGSVDSIGVLTEEEIRSHPAYLEYYYSHQNFNPRLPPPLLSKEDWRVAQRVRAAGRNVVDNGGGSGVLLYSMPVGLSVKKAEDEMIELRKAALRNMSRKNSTESLDKGMMGASSSGMGVRRKSFADILQEGCGQPTKSHLSRPASQSSVADVADTLPNSNAAEPFEALHPEKTLTGLSNT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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