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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005426`

染色体: Chr01 坐标: 71443087-71446115 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005426`
名称	SmilChr01G005426
描述	ras-related protein RABF1
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71443087 - 71446115 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005754`
GeneID	`131005754`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005754`
原始查询	`LOC131005754`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ras-related protein RABF1
产物	ras-related protein RABF1
Arabidopsis	`AT3G54840` (ARA6) Ras-related small GTP-binding family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824649] identity=85; qcov=0.995; evalue=2.33e-126; confidence=high
Rice	`Os10g0441800` (OsRab5A2) - identity=80.4; qcov=0.99; evalue=5.5e-120; confidence=high
GO	GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding)
KEGG	smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04148 (Efferocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00025 (Arf); PF00071 (Ras); PF04670 (Gtr1_RagA); PF08477 (Roc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005754

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	1.00000	`XP_057788799.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057788799.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	1.00000	`XP_057788799.1`
4	Vesicle	囊泡	1.00000	`XP_057788799.1`
5	Endosome	内体	1.00000	`XP_057788799.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71443402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B111
`Chr1:71443534`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	13	A13,A20,A9,B111,B115,B127,B16,B69,B79,C1,C57,C7,C77
`Chr1:71443598`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	49	A13,A18,A20,A25,B1,B102,B105,B106,B108,B124,B128,B129,B140,B17,B18,B22,B24,B32,B37,B41,B54,B59,B69,B70,B72,B93,B94,B98,C12,C14,C15,C22,C25,C30,C31,C36,C37,C45,C54,C58,C6,C60,C61,C73,C78,C80,D10,D3,D8
`Chr1:71443638`	`AGG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	14	A13,A20,A9,B111,B115,B127,B16,B49,B69,B79,C1,C57,C7,C77
`Chr1:71443849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B82
`Chr1:71444162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788798.1

229 aa

114

229

Arf

Roc

Gtr1_RagA

Ras

PF00025 Arf 30-187 aa PF08477 Roc 34-149 aa PF04670 Gtr1_RagA 34-153 aa PF00071 Ras 34-188 aa

XP_057788799.1

201 aa

100

201

Arf

Roc

Gtr1_RagA

Ras

PF00025 Arf 30-192 aa PF08477 Roc 34-149 aa PF04670 Gtr1_RagA 34-153 aa PF00071 Ras 34-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788798.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	30	187	5.2e-10	39.8	ADP-ribosylation factor family
`XP_057788798.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	34	149	2.3e-35	122.1	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057788798.1`	Pfam	`PF04670`	Gtr1_RagA	Domain	34	153	3.3e-05	24.1	Gtr1/RagA G protein conserved region
`XP_057788798.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	34	188	1e-57	194.9	Ras family
`XP_057788799.1`	Pfam	`PF00025`	Arf	Domain	30	192	7.5e-11	42.5	ADP-ribosylation factor family
`XP_057788799.1`	Pfam	`PF08477`	Roc	Domain	34	149	1.1e-35	123.1	Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase
`XP_057788799.1`	Pfam	`PF04670`	Gtr1_RagA	Domain	34	153	2.2e-05	24.7	Gtr1/RagA G protein conserved region
`XP_057788799.1`	Pfam	`PF00071`	Ras	Domain	34	194	1.3e-59	201.1	Ras family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932816.1
TACTATTAATTTATTAATTCTATCTCTCTCACACACACACACATTCCAATTCCAGATTTTATCGCATTAGAGCAAGTTTTCTTCTTAGGTGCCGTCGGCCTTTGATGTGATTTGGAATTGAGACCAATACATACATATATATACATATAGATACAATCTTAACACCCTGCAATCCGCTGCTCCATGGGTTGCGCTTCGTCAGTTCCAGATAGAAGTGCTGGGCGGATCGGGGGTGTTAACCTGGACAATGGTGGCGCGAA...

XM_057932815.1
TATTAATTCTATCTCTCTCACACACACACACATTCCAATTCCAGATTTTATCGCATTAGAGCAAGTTTTCTTCTTAGGTGCCGTCGGCCTTTGATGTGATTTGGAATTGAGACCAATACATACATATATATACATATAGATACAATCTTAACACCCTGCAATCCGCTGCTCCATGGGTTGCGCTTCGTCAGTTCCAGATAGAAGTGCTGGGCGGATCGGGGGTGTTAACCTGGACAATGGTGGCGCGAATGACCCGAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131005754
ATGGGTTGCGCTTCGTCAGTTCCAGATAGAAGTGCTGGGCGGATCGGGGGTGTTAACCTGGACAATGGTGGCGCGAATGACCCGAAGAACCTTAAAGTCAAGTTGGTGCTGTTAGGTGATTCTGGTGTTGGGAAAAGTTGCATTGTCCTCCGATTTGTTCGTGGCCAATTCGATCCAACATCTAAGGTCACCATTGGAGCATCATTCTTGTCTCAAACAATAGCCTTACAAGATTCTACTACAGTGAAATTTGAAATTTG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057788798.1
MGCASSVPDRSAGRIGGVNLDNGGANDPKNLKVKLVLLGDSGVGKSCIVLRFVRGQFDPTSKVTIGASFLSQTIALQDSTTVKFEIWDTAGQERYAALAPLYYRGAAVSIIVYDITSPESFHKAQYWVKELQKHGSPDIVMALVGNKADLNEKREVSTQDGIDYAEKNGMFFIETSAKTADNINQLFEVPLTIPLFHRITFAHETCKSRKHKDIMSLAIMQFYHPPITQ

XP_057788799.1
MGCASSVPDRSAGRIGGVNLDNGGANDPKNLKVKLVLLGDSGVGKSCIVLRFVRGQFDPTSKVTIGASFLSQTIALQDSTTVKFEIWDTAGQERYAALAPLYYRGAAVSIIVYDITSPESFHKAQYWVKELQKHGSPDIVMALVGNKADLNEKREVSTQDGIDYAEKNGMFFIETSAKTADNINQLFEEIAKRLPRPAPPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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