Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005432

染色体: Chr01 坐标: 71474331-71478124 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005432
名称SmilChr01G005432
描述glycine-rich RNA-binding protein RZ1C
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71474331 - 71478124 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005761
GeneID131005761
locus_tag-
NCBI NameLOC131005761
原始查询LOC131005761

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich RNA-binding protein RZ1C
产物glycine-rich RNA-binding protein RZ1C
ArabidopsisAT5G04280 (AtRZ-1c)
RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein with retrovirus zinc finger-like domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830307]
identity=51.8; qcov=1.11; evalue=7.33e-61; confidence=high
RiceOs03g0681900 (OsRZ3)
-
identity=49.1; qcov=1.12; evalue=3.39e-46; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1); PF00098 (zf-CCHC); PF16367 (RRM_7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005761

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788806.1
2 Nuclear speckle 核斑点 1.00000 XP_057788806.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057788806.1
4 Chromatin 染色质 0.20000 XP_057788806.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788807.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71474577 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C65,D11
Chr1:71474588 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:71474760 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr1:71474780 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:71474794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr1:71474795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,D11
Chr1:71474799 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B94
Chr1:71475032 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:71475044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B130,D11
Chr1:71475106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr1:71475180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788806.1
289 aa
N
1
144
289
RRM_7
RRM_1
zf-CCHC
C
PF16367 RRM_7 9-70 aa PF00076 RRM_1 10-79 aa PF00098 zf-CCHC 120-135 aa
XP_057788807.1
250 aa
N
1
125
250
RRM_1
zf-CCHC
C
PF00076 RRM_1 4-40 aa PF00098 zf-CCHC 81-96 aa
XP_057788808.1
250 aa
N
1
125
250
RRM_1
zf-CCHC
C
PF00076 RRM_1 4-40 aa PF00098 zf-CCHC 81-96 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788806.1 Pfam PF16367 RRM_7 Domain 9 70 7.7e-08 32.9 RNA recognition motif
XP_057788806.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 10 79 2.9e-20 72.6 RNA recognition motif
XP_057788806.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 120 135 1.8e-08 34.8 Zinc knuckle
XP_057788807.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 4 40 3.3e-08 34.0 RNA recognition motif
XP_057788807.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 81 96 1.5e-08 35.0 Zinc knuckle
XP_057788808.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 4 40 3.3e-08 34.0 RNA recognition motif
XP_057788808.1 Pfam PF00098 zf-CCHC Domain 81 96 1.5e-08 35.0 Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932823.1
CTAGACATATCTTGAATCGCAATACCTTCGGTTTTACTTCTATCCTTTCTCACTTGATAACTACAGTAAATTTTACTATCCAAAAACACCAAAACCCTATTTCCGAACCCCGCGACTACCCTCGTTTCTCGCTCTCGCTCTCGCAATCAATCGGGATTTTTGTGAACGAAAATTTCGCGGAGATGGCAGACAAGGAGCAAGACTACCGGATATTTGTTGGAGGTTTATCGTGGGATGTCACCGAACGGCAGCTTACAAAT...
XM_057932825.1
ATTGTTGAAATGCGTTGGTATGCGATTTGGAGGAACTTTGGGTCCGTTGACATATCCAGGACTACTGAAGCACAAGTTCAGTGTGTTTTGGCGCTGTCCTCTGTTAGTAATCTTTGAGAATCAGTTATGCATGACAGCTTTAGCAGTTCTACGCAAGGACTTCTGAGAATTTTGGCCTGTTGATCTTGCCGCTACTTTGCTCATGGTGCCTGCTTTTGAATTCTCTCAACAACAATGATAGGCTAGAACCACAAAGTCTA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005761
ATGGCAGACAAGGAGCAAGACTACCGGATATTTGTTGGAGGTTTATCGTGGGATGTCACCGAACGGCAGCTTACAAATGAGTTTGGCCGTTTCGGCAAAGTTGTCGAATGCCAGATTATGTTGGAAAGAGATACAGGTCGTCCTCGTGGATTTGGCTTCCTGACTTTTGCTGACAGAAGGGCGATGGATGATGCAATCAGGGATATGCATGGTAGAGAATTTGGAGAGCGGGTCATCTCAGTTAACAAGGCCCAACCTAA...
LOC131005761
ATGTTGGAAAGAGATACAGGTCGTCCTCGTGGATTTGGCTTCCTGACTTTTGCTGACAGAAGGGCGATGGATGATGCAATCAGGGATATGCATGGTAGAGAATTTGGAGAGCGGGTCATCTCAGTTAACAAGGCCCAACCTAAGGGAGCTGAAGACTCTGGAAATGGCCATGGAAGTCGCACAGCAGGGGGGCGGGGGAGTTATGGTGGAAGAGATAGGCCAGCAGCAGGACCAGATGATTGCTTCAAATGCGGCCGGCC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788806.1
MADKEQDYRIFVGGLSWDVTERQLTNEFGRFGKVVECQIMLERDTGRPRGFGFLTFADRRAMDDAIRDMHGREFGERVISVNKAQPKGAEDSGNGHGSRTAGGRGSYGGRDRPAAGPDDCFKCGRPGHWARDCPSAGGGRGARPLSPPPPPPRSKYGGPPSRGDRFADDRDRFVDDRYDRGRYGDKDRYDSRDDRYGGGRDRYANDRYAPPGDRFAADRYVPPAADRYPHNGYGRDRAYDRDVGPRGAGDRYGGGGGGPA...
XP_057788807.1
MLERDTGRPRGFGFLTFADRRAMDDAIRDMHGREFGERVISVNKAQPKGAEDSGNGHGSRTAGGRGSYGGRDRPAAGPDDCFKCGRPGHWARDCPSAGGGRGARPLSPPPPPPRSKYGGPPSRGDRFADDRDRFVDDRYDRGRYGDKDRYDSRDDRYGGGRDRYANDRYAPPGDRFAADRYVPPAADRYPHNGYGRDRAYDRDVGPRGAGDRYGGGGGGPARYDGRSYRERPAPYDRPRKGGRPPSLDRY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器