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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005458`

染色体: Chr01 坐标: 71603646-71605221 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005458`
名称	SmilChr01G005458
描述	thioredoxin F, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	71603646 - 71605221 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005785`
GeneID	`131005785`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005785`
原始查询	`LOC131005785`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thioredoxin F, chloroplastic-like
产物	thioredoxin F%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT5G16400` (TRXF2) thioredoxin F2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831501] identity=73.4; qcov=0.753; evalue=2.06e-66; confidence=high
Rice	`Os01g0913000` (OsTRXh10) - identity=57.4; qcov=1.15; evalue=1.48e-69; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00085 (Thioredoxin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005785

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057788852.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	1.00000	`XP_057788852.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788852.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788852.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788852.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:71604072`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr1:71604090`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	24	A1,A4,B110,B119,B127,B19,B33,B34,B4,B47,B59,B73,B74,B84,C27,C39,C4,C56,C59,C60,C63,C65,C7,C77
`Chr1:71604827`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C60
`Chr1:71604827`	`G`	`GC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C60
`Chr1:71604848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,C39,C54,C58
`Chr1:71604890`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B100,C39,C54,C58
`Chr1:71604902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr1:71604923`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,C84
`Chr1:71604943`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr1:71605005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr1:71605041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788852.1

170 aa

170

Thioredoxin

PF00085 Thioredoxin 65-165 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788852.1`	Pfam	`PF00085`	Thioredoxin	Domain	65	165	3.3e-23	82.4	Thioredoxin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057932869.1
ATCTCGAGACTCCATAAATCAACGGTCCCGTTTGCTCGCTCAGCAGCACATCACTCTCATCTCTCTCTCTCTCTACAATACATACAGTCTTAGTCTCTCTCTCTCTCTACAATAAAATACGTACAGTCTCAGTCGTGATGGCTCTACAAGTGTGCATTTCAGCTCCAAGGACCTCGATACCGCACAATTCTGTGTCACCGCCGATTCTCGCCGCCGCGAAGCAGTGTCGCCGCGCTGTATGTGCGGATTACCCGCAGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005785
ATGGCTCTACAAGTGTGCATTTCAGCTCCAAGGACCTCGATACCGCACAATTCTGTGTCACCGCCGATTCTCGCCGCCGCGAAGCAGTGTCGCCGCGCTGTATGTGCGGATTACCCGCAGCTGAGTGCGAAGAGGGAAAGACGGCTGAGGACGAAGGTCAGCTCGGACTCAGCAGCGGCGGCGGCGGGCCAAGTGACGGAGGTGAATAAGGATACATTTTGGCCGATTGTGAAAGCCGCCGGCGCTAAGATTGTCGTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788852.1
MALQVCISAPRTSIPHNSVSPPILAAAKQCRRAVCADYPQLSAKRERRLRTKVSSDSAAAAAGQVTEVNKDTFWPIVKAAGAKIVVLDMYTQWCGPCKVMAPKFQELSEKHEDIVFLKLDCNQENKPLAKELGIKVVPTFKILKDEKVIKEVTGAKFDDLVHAIEAARST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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