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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005461

染色体: Chr01 坐标: 71618637-71623511 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005461
名称SmilChr01G005461
描述uncharacterized SmilChr01G005461
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71618637 - 71623511 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005792
GeneID131005792
locus_tag-
NCBI NameLOC131005792
原始查询LOC131005792

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述LUC7 related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821276]; symbol=UNE6; hit=AT3G03340; species=arabidopsis; confidence=high
产物LUC7 related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821276]; symbol=UNE6; hit=AT3G03340; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G03340 (UNE6)
LUC7 related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821276]
identity=77.4; qcov=0.846; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0843500 (OSJNBa0032G11.7)
-
identity=79.2; qcov=0.765; evalue=2e-177; confidence=high
GOGO:0003729 (mRNA binding); GO:0005685 (U1 snRNP); GO:0006376 (mRNA splice site recognition); GO:0071004 (U2-type prespliceosome)
KEGG-
PfamPF03194 (LUC7)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005792

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788858.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057788858.1
3 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057788858.1
4 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057788858.1
5 Chromatin 染色质 0.40000 XP_057788858.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71619451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B128,B75,B88,C10
Chr1:71619452 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 20 A7,B118,B125,B21,B26,B29,B36,B47,B48,B85,C25,C28,C38,C40,C44,C46,C73,C75,C79,D5
Chr1:71619546 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:71619630 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B128,B75,B88,C10
Chr1:71619638 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A24,B140,C10
Chr1:71619809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:71620906 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A24,B140,C10
Chr1:71621108 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr1:71621139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D9
Chr1:71621586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,B63
Chr1:71621766 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,D10
Chr1:71621775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B111,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788858.1
416 aa
N
1
208
416
LUC7
LUC7
C
PF03194 LUC7 2-172 aa PF03194 LUC7 207-326 aa
XP_057788859.1
408 aa
N
1
204
408
LUC7
LUC7
C
PF03194 LUC7 2-172 aa PF03194 LUC7 207-326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788858.1 Pfam PF03194 LUC7 Family 2 172 1.1e-70 238.9 LUC7 N_terminus
XP_057788858.1 Pfam PF03194 LUC7 Family 207 326 1.1e-70 238.9 LUC7 N_terminus
XP_057788859.1 Pfam PF03194 LUC7 Family 2 172 9.7e-71 239.1 LUC7 N_terminus
XP_057788859.1 Pfam PF03194 LUC7 Family 207 326 9.7e-71 239.1 LUC7 N_terminus

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XR_009095350.1
CCGCTGGGGCTAATTCGCGATTTCAACAAACACAGGGGTCCAAATTGAAGTTTACCTTTTCTGCCACAAACCAAATTTCACCTGACCAAAAACCCTAGAGAGAGTGGGGAGAAAACAGAGACAGAGGGGGGGAGAGTGAGCGAGAGGGAGCTACACCAGTTCCGCGACAGGGAGAAATCTTGTAGTTAGCCAAGGAAATGGATGCGCTGAGGAAGCAGCTGGATGTTCTGATGGGAGCGAATCGTAACGGGGACGCTCAA...
XR_009095351.1
CCGCTGGGGCTAATTCGCGATTTCAACAAACACAGGGGTCCAAATTGAAGTTTACCTTTTCTGCCACAAACCAAATTTCACCTGACCAAAAACCCTAGAGAGAGTGGGGAGAAAACAGAGACAGAGGGGGGGAGAGTGAGCGAGAGGGAGCTACACCAGTTCCGCGACAGGGAGAAATCTTGTAGTTAGCCAAGGAAATGGATGCGCTGAGGAAGCAGCTGGATGTTCTGATGGGAGCGAATCGTAACGGGGACGCTCAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005792
ATGGATGCGCTGAGGAAGCAGCTGGATGTTCTGATGGGAGCGAATCGTAACGGGGACGCTCAAGAGGTGACGCGGAAGTATTACGATCGCGATGTCTGCCGCCTCTACCTCGCCGGTCTCTGTTCTCACGAGCTCTTCCAGCTCACCAAAATGGACAAGGGACCTTGCCCCAAGATTCACTCGCTGCAACTGAGGAAAGAATATGAGGAAGCAAAAGCAAAAGGCGTTGATAATTATGATCGAGATTTGGAGGATAACAT...
LOC131005792
ATGGATGCGCTGAGGAAGCAGCTGGATGTTCTGATGGGAGCGAATCGTAACGGGGACGCTCAAGAGGTGACGCGGAAGTATTACGATCGCGATGTCTGCCGCCTCTACCTCGCCGGTCTCTGTTCTCACGAGCTCTTCCAGCTCACCAAAATGGACAAGGGACCTTGCCCCAAGATTCACTCGCTGCAACTGAGGAAAGAATATGAGGAAGCAAAAGCAAAAGGCGTTGATAATTATGATCGAGATTTGGAGGATAACAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788858.1
MDALRKQLDVLMGANRNGDAQEVTRKYYDRDVCRLYLAGLCSHELFQLTKMDKGPCPKIHSLQLRKEYEEAKAKGVDNYDRDLEDNIDRLIVECDRKIARALKRLDEEDAKAAIAISVSEVTLTPEITELSKQIKEKLKEADQSDLEGKTDVKIRALEEVEELRTKRADMQSMLLLDAFNKDRASLPQPLTNAPQLTPLPAAVPDPRIQEMINEKLKKAEDLGEQGMVDEAQKALEEAEALKKLPARQEQVVDSSKYTAA...
XP_057788859.1
MDALRKQLDVLMGANRNGDAQEVTRKYYDRDVCRLYLAGLCSHELFQLTKMDKGPCPKIHSLQLRKEYEEAKAKGVDNYDRDLEDNIDRLIVECDRKIARALKRLDEEDAKAAIAISVSEVTLTPEITELSKQIKEKLKEADQSDLEGKTDVKIRALEEVEELRTKRADMQSMLLLDAFNKDRASLPQPLTNAPQLTPLPAAVPDPRIQEMINEKLKKAEDLGEQGMVDEAQKALEEAEALKKLPARQEQVVDSSKYTAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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