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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005464

染色体: Chr01 坐标: 71641960-71651010 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005464
名称SmilChr01G005464
描述serine/threonine-protein kinase TIO
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71641960 - 71651010 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005795
GeneID131005795
locus_tag-
NCBI NameLOC131005795
原始查询LOC131005795

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein kinase TIO
产物serine/threonine-protein kinase TIO
ArabidopsisAT1G50240 (FU)
kinase family with ARM repeat domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841446]
identity=59.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0433500
-
identity=55.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005795

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057788862.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057788862.1
3 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.40000 XP_057788862.1
4 Phragmoplast Phragmoplast 0.20000 XP_057788862.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057788862.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71642420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B5,B71,C87
Chr1:71643316 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B108,B13,C23,C64,C66
Chr1:71643877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B67,C14,C34,C43
Chr1:71644083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C51
Chr1:71644715 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C37
Chr1:71644922 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B111,B3,B82,C76
Chr1:71645118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B51,B71,B87,C33
Chr1:71645814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,C37
Chr1:71646056 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B34
Chr1:71646056 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B34
Chr1:71646147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:71646421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788862.1
1338 aa
N
1
669
1338
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 6-256 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 8-251 aa
XP_057788863.1
1338 aa
N
1
669
1338
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 6-256 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 8-251 aa
XP_057788864.1
1337 aa
N
1
668
1337
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 6-256 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 8-251 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788862.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 6 256 1.1e-76 258.4 Protein kinase domain
XP_057788862.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 8 251 1.4e-45 156.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057788863.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 6 256 1.1e-76 258.4 Protein kinase domain
XP_057788863.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 8 251 1.4e-45 156.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057788864.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 6 256 1.1e-76 258.4 Protein kinase domain
XP_057788864.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 8 251 1.4e-45 156.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932879.1
TGCAATTTTCAAATTCTGCATTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACACACACACACAGTCTGCTAGACGCAGGTCACAGTTTCCATTCTCGAGTTTAATCGATAATTCAATAATTCTCGAGTAGACGTTTTTCCAGGTGAAAGGATTCTTCAGGTATAGAGATTATGGGTGTTGAAAATTATCATGTTATCGAGCTTGTGGGCGAGGGATCATTTGGAAAAGTGTACAAAGGGCGCCGG...
XM_057932880.1
CAAATTCTGCATTCCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACACACACACACAGTCTGCTAGACGCAGGTCACAGTTTCCATTCTCGAGTTTAATCGATAATTCAATAATTCTCGAGTAGACGTTTTTCCAGGTATAGAGATTATGGGTGTTGAAAATTATCATGTTATCGAGCTTGTGGGCGAGGGATCATTTGGAAAAGTGTACAAAGGGCGCCGGAAGTTCAGTGGTCAGACGGTTGCGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131005795
ATGGGTGTTGAAAATTATCATGTTATCGAGCTTGTGGGCGAGGGATCATTTGGAAAAGTGTACAAAGGGCGCCGGAAGTTCAGTGGTCAGACGGTTGCGATGAAGTTTATTCCTAAACATGGAAAAAGTGAGAAGGATGTTTTGAACTTGAGACAGGAAATAGAGATCCTAAGAAAATTGAAGCATGAAAATATTATAGCAATGTTGGACTCATTTGAAGGCCCACAAGAGTTCTGTGTTGTTACAGAATTTGCACAAGG...
LOC131005795
ATGGGTGTTGAAAATTATCATGTTATCGAGCTTGTGGGCGAGGGATCATTTGGAAAAGTGTACAAAGGGCGCCGGAAGTTCAGTGGTCAGACGGTTGCGATGAAGTTTATTCCTAAACATGGAAAAAGTGAGAAGGATGTTTTGAACTTGAGACAGGAAATAGAGATCCTAAGAAAATTGAAGCATGAAAATATTATAGCAATGTTGGACTCATTTGAAGGCCCACAAGAGTTCTGTGTTGTTACAGAATTTGCACAAGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057788862.1
MGVENYHVIELVGEGSFGKVYKGRRKFSGQTVAMKFIPKHGKSEKDVLNLRQEIEILRKLKHENIIAMLDSFEGPQEFCVVTEFAQGELFEILEDDKCLPEEQVQAIAKQLVRALHYLHSNRIIHRDMKPQNILIGAGSIVKLCDFGFARAMSANTVVLRSIKGTPLYMAPELVREQPYNHTADLWSLGVILYELFVGQPPFYTNSVYALIRHIIKDPVKYPDNMSINFKSFLQGLLNKVPQQRLTWPALLEHPFVKDAS...
XP_057788863.1
MGVENYHVIELVGEGSFGKVYKGRRKFSGQTVAMKFIPKHGKSEKDVLNLRQEIEILRKLKHENIIAMLDSFEGPQEFCVVTEFAQGELFEILEDDKCLPEEQVQAIAKQLVRALHYLHSNRIIHRDMKPQNILIGAGSIVKLCDFGFARAMSANTVVLRSIKGTPLYMAPELVREQPYNHTADLWSLGVILYELFVGQPPFYTNSVYALIRHIIKDPVKYPDNMSINFKSFLQGLLNKVPQQRLTWPALLEHPFVKDAS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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