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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005465

染色体: Chr01 坐标: 71651753-71654069 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005465
名称SmilChr01G005465
描述acyl carrier protein 2, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向71651753 - 71654069 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005796
GeneID131005796
locus_tag-
NCBI NameLOC131005796
原始查询LOC131005796

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述acyl carrier protein 2, mitochondrial
产物acyl carrier protein 2%2C mitochondrial
ArabidopsisAT1G65290 (mtACP2)
mitochondrial acyl carrier protein 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842836]
identity=76; qcov=1; evalue=2e-63; confidence=high
RiceOs03g0352800
-
identity=57.1; qcov=1.08; evalue=1.81e-47; confidence=medium
GOGO:0000035 (acyl binding); GO:0000036 (acyl carrier activity); GO:0005739 (mitochondrion); GO:0006633 (fatty acid biosynthetic process)
KEGGsmil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00550 (PP-binding)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005796

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057788865.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057788865.1
3 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.60000 XP_057788865.1
4 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057788865.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:71652044 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C23,D7
Chr1:71653840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B79,C34
Chr1:71653846 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B37,B79,C34
Chr1:71653849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B104,C11,C5,D11
Chr1:71653864 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B37,B79,C34
Chr1:71653864 GCC G 2bp_deletion CDS_variant 3 B37,B79,C34
Chr1:71653868 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B37,B79,C34
Chr1:71653868 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B37,B79,C34
Chr1:71653904 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788865.1
129 aa
N
1
64
129
PP-binding
C
PF00550 PP-binding 55-120 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788865.1 Pfam PF00550 PP-binding Domain 55 120 1.8e-12 48.0 Phosphopantetheine attachment site

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932882.1
GTTGCCCAATCTTGGTAAAACCTCTCTTAACTGAAAAACCTCATCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTACTCTCTCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCACACACGGAGACACAGAGAAATGGCGGCGAGAAACGCACTGCTGAAGTACCTGAGGGTGAGCGTGAAGCCGGTGCTTCCGTTCCAAAACCCTAGAGCAACCGGCAGCGGCTTATCGCAGCTCATCAGGCGCCACTTCTGCGAAGAAGCTAGGGGCTCCTTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005796
ATGGCGGCGAGAAACGCACTGCTGAAGTACCTGAGGGTGAGCGTGAAGCCGGTGCTTCCGTTCCAAAACCCTAGAGCAACCGGCAGCGGCTTATCGCAGCTCATCAGGCGCCACTTCTGCGAAGAAGCTAGGGGCTCCTTCCTCGACAAATCGGAGGTCGCCGATCGTGTCATTAATGTCGTCAAGAAATTCGAGAAAGTTGATCCTTCCAAGGTTACTCCAAATGCTCATTTCCAGAACGATCTTGGTCTGGATAGTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788865.1
MAARNALLKYLRVSVKPVLPFQNPRATGSGLSQLIRRHFCEEARGSFLDKSEVADRVINVVKKFEKVDPSKVTPNAHFQNDLGLDSLDAVEIVMALEEEFRFEIPDNEADKINSIDLAVDFIASHPQAK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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