当前解析结果
SmilChr01G005516| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005516 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005516 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G005516 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 71982603 - 71983498 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131005854 |
|---|---|
| GeneID | 131005854 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005854 |
| 原始查询 | LOC131005854 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0724700; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os01g0724700; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G32870 (AT4G32870)Polyketide cyclase/dehydrase and lipid transport superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829423] identity=30; qcov=0.852; evalue=4.86e-18; confidence=low |
| Rice | Os01g0724700- identity=31.9; qcov=0.892; evalue=5.07e-21; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF10604 (Polyketide_cyc2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005854 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057788939.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057788939.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057788939.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057788939.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057788939.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:71982853 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
Chr1:71982948 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
Chr1:71982975 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr1:71983221 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B135,B90,B92,C2,D10 |
Chr1:71983306 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057788939.1PF10604
Polyketide_cyc2 25-145 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057788939.1 |
Pfam | PF10604 |
Polyketide_cyc2 | Family | 25 | 145 | 1.5e-16 | 61.6 | Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。