Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005520`

染色体: Chr01 坐标: 72007360-72010031 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005520`
名称	SmilChr01G005520
描述	serine/threonine-protein kinase RIPK-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72007360 - 72010031 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005856`
GeneID	`131005856`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005856`
原始查询	`LOC131005856`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase RIPK-like
产物	serine/threonine-protein kinase RIPK-like
Arabidopsis	`AT2G05940` (RIPK) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815147] identity=73.8; qcov=0.823; evalue=5.61e-28; confidence=medium
Rice	`Os03g0179400` (RLCK103) - identity=60; qcov=0.823; evalue=1.46e-24; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057788941.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057788941.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057788941.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788941.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788941.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72008724`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr1:72008779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr1:72008833`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C21,C23,C36
`Chr1:72008857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B18,C23
`Chr1:72008857`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,C23
`Chr1:72008865`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A15,B61
`Chr1:72008865`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	A15,B61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XR_009095358.1
TAACTATTTTATATTCTAAAATTCAAAAGAAATAAAATTGTTCATCTCATACCCTACCCACCTACGGTTTCTTCCTCACAATCTTTCCCCTCCCCAAATTAAAAGCCCTAGCATTCTTCCTCACCTCCTCTTTCGCCGGTGCCGTCAACCACCACCGCCTCCTCCTTCACGCCGGCAAGCACTCTCTCTCGCTCTCTCTCCGCACCCGCCGCTGTTTCCGCTGGCCTCTGTTTTTCGAGGTTAATTCCAGAGCTGCTCTG...

XR_009095359.1
TATTTTATATTCTAAAATTCAAAAGAAATAAAATTGTTCATCTCATACCCTACCCACCTACGGTTTCTTCCTCACAATCTTTCCCCTCCCCAAATTAAAAGCCCTAGCATTCTTCCTCACCTCCTCTTTCGCCGGTGCCGTCAACCACCACCGCCTCCTCCTTCACGCCGGCAAGCACTCTCTCTCGCTCTCTCTCCGCACCCGCCGCTGTTTCCGCTGGCCTCTGTTTTTCGAGGTTAATTCCAGAGCTGCTCTGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005856
ATGGAGTTTGATTGTTTTCTCCACCAAAAGAAAACTCTTCTAGTTCTCCTCTCATCCAAGGAGCTCAAGGTGATCACGCAGAACTTCTCGTCGAGTAATTTCCTTGGTGAAAGTGGCTTCGGCCCGGTCTACAAGGGCTTCATCGATGACAAGATGCGCCCCTGGTTAAAGGCCCAGCTCGTCTCTGTTAAGCTCCTCGATTTGGATGGATCACAGGGCCACAAAGAATGGTTGAAGTGA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788941.1
MEFDCFLHQKKTLLVLLSSKELKVITQNFSSSNFLGESGFGPVYKGFIDDKMRPWLKAQLVSVKLLDLDGSQGHKEWLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器