Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005729

染色体: Chr01 坐标: 73432503-73439654 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005729
名称SmilChr01G005729
描述receptor-like protein 53
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73432503 - 73439654 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005868
GeneID131005868
locus_tag-
NCBI NameLOC131005868
原始查询LOC131005868

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor-like protein 53
产物receptor-like protein 53
ArabidopsisAT5G25910 (RLP52)
receptor like protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832660]
identity=35.9; qcov=0.989; evalue=5.92e-143; confidence=medium
RiceOs12g0222900
-
identity=35.8; qcov=0.936; evalue=3.91e-119; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00560 (LRR_1); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005868

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788955.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788955.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788955.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788955.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788955.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73432781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:73432827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr1:73432848 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr1:73433037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B79
Chr1:73433061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:73433071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr1:73433081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr1:73433157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B66,C51
Chr1:73435971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:73436794 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,D10
Chr1:73436871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:73436880 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788955.1
825 aa
N
1
412
825
LRRNT_2
LRR_1
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
C
PF08263 LRRNT_2 27-67 aa PF00560 LRR_1 97-118 aa PF00560 LRR_1 120-141 aa PF23598 LRR_14 187-300 aa PF00560 LRR_1 195-216 aa PF13855 LRR_8 195-253 aa PF00560 LRR_1 218-239 aa PF13855 LRR_8 218-277 aa PF00560 LRR_1 242-264 aa PF00560 LRR_1 458-480 aa PF00560 LRR_1 483-502 aa PF00560 LRR_1 644-664 aa PF00560 LRR_1 666-688 aa PF00560 LRR_1 691-712 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788955.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 27 67 1.5e-09 38.7 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 97 118 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 120 141 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 187 300 1.6e-43 149.6 Leucine-rich repeat region
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 195 216 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 195 253 7.2e-44 148.1 Leucine rich repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 218 239 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 218 277 7.2e-44 148.1 Leucine rich repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 242 264 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 458 480 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 483 502 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 644 664 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 666 688 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat
XP_057788955.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 691 712 1.4e-60 188.7 Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932972.1
TACTTTTCTAATGTTTATATATATATAGTGTCACCAACCTTCAAATCCTATTTTCCCAAAGCAAAAGCCAAAAATGGAGAGATATTCCCAATATTTCTTTCTTGCACTCTTACTCCTATACACCTTTCCCATCCTTGCAAATAGTGATATCAACACAGATATCTCTTCCCTAATCTCCTTGAAATCTCAAATAACCTCAAACCCTAACAACATATTGATCCAAAATTGGACCACTGCAACTTCTGTTTGCAGTTGGGTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005868
ATGGAGAGATATTCCCAATATTTCTTTCTTGCACTCTTACTCCTATACACCTTTCCCATCCTTGCAAATAGTGATATCAACACAGATATCTCTTCCCTAATCTCCTTGAAATCTCAAATAACCTCAAACCCTAACAACATATTGATCCAAAATTGGACCACTGCAACTTCTGTTTGCAGTTGGGTCGGAGTTACTTGTGATTCACGTTACAATAGGGTTTCTCAGTTGAACATATCGAACATGGGGCTTGTCGGAACCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788955.1
MERYSQYFFLALLLLYTFPILANSDINTDISSLISLKSQITSNPNNILIQNWTTATSVCSWVGVTCDSRYNRVSQLNISNMGLVGTLSPEIGNLSFLVSLDMSENSFHGPIPPSIFNLSSLEILSLRNNSLSSSLPSDMCKNSLHKLKRLRISYNKMFGDIPLSLGECSDLEYVSFYDNKFGGEMPREIGNITLLQFLSIGSNDLTGNIPEEIGRLINLQTLDMSSNKFNGSLPSSFFGMPSLQYVDLASNDLSGSLSRD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器