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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005689

染色体: Chr01 坐标: 73173717-73178743 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005689
名称SmilChr01G005689
描述telomere repeat-binding protein 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73173717 - 73178743 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005877
GeneID131005877
locus_tag-
NCBI NameLOC131005877
原始查询LOC131005877

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述telomere repeat-binding protein 4
产物telomere repeat-binding protein 4
ArabidopsisAT5G13820 (TBP1)
telomeric DNA binding protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831227]
identity=42.7; qcov=0.99; evalue=3.76e-136; confidence=medium
RiceOs03g0274300
-
identity=39.4; qcov=0.996; evalue=2.37e-124; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF23603 (Ubiquitin_TPR1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005877

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057788966.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788966.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788966.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788966.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057788966.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73173924 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 1 A2
Chr1:73173924 T TC 1bp_insertion CDS_variant 1 A2
Chr1:73173992 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C72
Chr1:73174447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr1:73174477 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:73174645 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B128,B83,C80,D2
Chr1:73174698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8
Chr1:73174744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr1:73174770 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B65,C10,C70,C75
Chr1:73174791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51
Chr1:73174822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B35,B56,B62,B96
Chr1:73174872 T TTA 2bp_insertion frameshift_variant 7 A3,B101,B29,B68,B93,C16,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788966.1
680 aa
N
1
340
680
Ubiquitin_TPR1
C
PF23603 Ubiquitin_TPR1 377-444 aa
XP_057788967.1
680 aa
N
1
340
680
Ubiquitin_TPR1
C
PF23603 Ubiquitin_TPR1 377-444 aa
XP_057788968.1
675 aa
N
1
338
675
Ubiquitin_TPR1
C
PF23603 Ubiquitin_TPR1 372-439 aa
XP_057788969.1
675 aa
N
1
338
675
Ubiquitin_TPR1
C
PF23603 Ubiquitin_TPR1 372-439 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788966.1 Pfam PF23603 Ubiquitin_TPR1 Domain 377 444 2.1e-36 124.2 Telomere repeat-binding protein 1-like, ubiquitin-like domain
XP_057788967.1 Pfam PF23603 Ubiquitin_TPR1 Domain 377 444 2.1e-36 124.2 Telomere repeat-binding protein 1-like, ubiquitin-like domain
XP_057788968.1 Pfam PF23603 Ubiquitin_TPR1 Domain 372 439 4.9e-36 123.0 Telomere repeat-binding protein 1-like, ubiquitin-like domain
XP_057788969.1 Pfam PF23603 Ubiquitin_TPR1 Domain 372 439 4.9e-36 123.0 Telomere repeat-binding protein 1-like, ubiquitin-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932983.1
CGATTTTGCCCCTGCTCTTGTATTCAAGCTTTGCGAGCAGCTAGTATAAAACAAGAAGCGACATAGGGGTTTTAGCACTATTTCTTGCCTGGTTTTCCCAAACCCATTAGAGGTTTTGTATGCTCTAATACCATTTCTATCTACCTTTTCTTTTCCCCCATTTTTTATTTCTTCTTTTATGTGTGATTTATTCGCGTCACGTAAATTCGAAATTCTCGTTGCGTAGAGTACTGTATATAAAAAAAAGGCAAAAGGAGAAG...
XM_057932985.1
AGGGGTTTTAGCACTATTTCTTGCCTGGTTTTCCCAAACCCATTAGAGGTTTTGTATGCTCTAATACCATTTCTATCTACCTTTTCTTTTCCCCCATTTTTTATTTCTTCTTTTATGTGTGATTTATTCGCGTCACGTAAATTCGAAATTCTCGTTGCGTAGAGTACTGTATATAAAAAAAAGGCAAAAGGAGAAGCAGACGTCCAGAGTTTATCTTCTTTTGGTCAAATTATTCATCAGGTTAAAGGTGATTTGGCAAC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131005877
ATGGTGCCGAAAAAGAGGCTGGATTATCGGTTCAATGGTCGTCGATCCCCAATTATTCCCAAAGCTCCCAGATCAATCAGGAGGAGATGCTCACGCAAGAATTCAGTCGAGGACAACAAACTTTGTGCCTTTGAATTACTTGCAGCTGTAGCTGGTAAGCTGTTACAGGAGAGGGAAAGTTCTGTTTCAAGTAATGTAGAAGCTCATGTGGATATTTTCAAAAATGAGATTGTGAAGGGGCAGCCTATAGATGAGCAAAC...
LOC131005877
ATGGTGCCGAAAAAGAGGCTGGATTATCGGTTCAATGGTCGTCGATCCCCAATTATTCCCAAAGCTCCCAGATCAATCAGGAGGAGATGCTCACGCAAGAATTCAGTCGAGGACAACAAACTTTGTGCCTTTGAATTACTTGCAGCTGTAGCTGGTAAGCTGTTACAGGAGAGGGAAAGTTCTGTTTCAAGTAATGTAGAAGCTCATGTGGATATTTTCAAAAATGAGATTGTGAAGGGGCAGCCTATAGATGAGCAAAC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057788966.1
MVPKKRLDYRFNGRRSPIIPKAPRSIRRRCSRKNSVEDNKLCAFELLAAVAGKLLQERESSVSSNVEAHVDIFKNEIVKGQPIDEQTPESESIDHGSCAESSFMPEASVLEPDLSSKFKGLPQTDNDSVLEHTSVLAIPDVKKLDCDSIQGTCQVNNADGNTNCEVGDSIFVGNNINLRVDGQQGMHLGDDANPSNVKDPIGECVNSNMLIKSDNSVQLPLYRDPVLHTPLQKQWNTVKLGIRDDDDNSFGCTKLSTKFR...
XP_057788967.1
MVPKKRLDYRFNGRRSPIIPKAPRSIRRRCSRKNSVEDNKLCAFELLAAVAGKLLQERESSVSSNVEAHVDIFKNEIVKGQPIDEQTPESESIDHGSCAESSFMPEASVLEPDLSSKFKGLPQTDNDSVLEHTSVLAIPDVKKLDCDSIQGTCQVNNADGNTNCEVGDSIFVGNNINLRVDGQQGMHLGDDANPSNVKDPIGECVNSNMLIKSDNSVQLPLYRDPVLHTPLQKQWNTVKLGIRDDDDNSFGCTKLSTKFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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