Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005728

染色体: Chr01 坐标: 73419687-73422035 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005728
名称SmilChr01G005728
描述exocyst complex component EXO70H1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73419687 - 73422035 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005883
GeneID131005883
locus_tag-
NCBI NameLOC131005883
原始查询LOC131005883

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component EXO70H1-like
产物exocyst complex component EXO70H1-like
ArabidopsisAT2G39380 (EXO70H2)
exocyst subunit exo70 family protein H2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818523]
identity=50.3; qcov=0.93; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0382200 (EXO70F3)
-
identity=31; qcov=0.715; evalue=5.77e-77; confidence=low
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0005546 (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding); GO:0006887 (exocytosis)
KEGG-
PfamPF03081 (Exo70_C); PF20669 (Exo70_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005883

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057788977.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057788977.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057788977.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788977.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788977.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73419938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,B40,C62
Chr1:73419941 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:73419986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B75,B81,B99,D11
Chr1:73419987 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:73420038 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B45,B75,B81,B99
Chr1:73420052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:73420053 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C40,C50
Chr1:73420122 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr1:73420208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:73420218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C60,C82
Chr1:73420238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B122
Chr1:73420325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788977.1
627 aa
N
1
314
627
Exo70_N
Exo70_C
C
PF20669 Exo70_N 52-133 aa PF03081 Exo70_C 235-597 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788977.1 Pfam PF20669 Exo70_N Repeat 52 133 2.2e-14 54.2 Exocyst complex component Exo70 N-terminal
XP_057788977.1 Pfam PF03081 Exo70_C Repeat 235 597 3.4e-105 352.9 Exo70 exocyst complex subunit C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932994.1
TAAACAATCCTTCTTGGACATTTTTTTCTACTTCCTTATTACTATGGTTTAATTAAATTTTAATTATTTTCTTTTTATTTATTTTTTGGAAAAATACAAAAACTACGACTTACATTACCCCATGAGGTTGGAGAATTCCAGCATCCAGCTCCAGTCAGTCAAATGTCAACTCCACCAAATATAGAAACTTCTCCTCTTTAACTGCTATATTAACCCACTAAACTCAATCACTCTCTACTAAAACATCTCAAATCTTCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005883
ATGGCGATCCATGAAATCGCAACTCAAATTTCACCCCACAAAGCAATGGCCGCTCTCCTCACCCTCTCCAAAATCCCCGACCGCTCAAACATTAACCACTCTATCACTAGACCTCAGCACACTTTCTCCGACTCGATCATGGAGGAGACCGTCGCAAACGCGAGGCTCCTCATGGCCAAATGGAACCCCACCACCGCCACCACCACCGGCAAATTCACCTCCATCTTCCACGAAGACCGAGGCGAAGCCGAGGAGTTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788977.1
MAIHEIATQISPHKAMAALLTLSKIPDRSNINHSITRPQHTFSDSIMEETVANARLLMAKWNPTTATTTGKFTSIFHEDRGEAEEFIARVEELRRAMHFLIAQRSYSAQLAAANNLMKAAMLRLEKEFYYILSANRDCLSPESVSDGSSRRSRRSLSFSNSEEEENEDGEAAMADLKMIAESMISSGYSKECGKIYRVTRKSIVDEEIYRLGIRSYDQSRIMRLDHKSLQRDVEKWIQAAKIAVKSIFRGEKLLCDRVFA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器