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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005631

染色体: Chr01 坐标: 72760374-72764470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005631
名称SmilChr01G005631
描述wall-associated receptor kinase-like 20
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72760374 - 72764470 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005884
GeneID131005884
locus_tag-
NCBI NameLOC131005884
原始查询LOC131005884

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述wall-associated receptor kinase-like 20
产物wall-associated receptor kinase-like 20
ArabidopsisAT5G02070 (AT5G02070)
Protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831776]
identity=53.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0318100
-
identity=61.1; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007166 (cell surface receptor signaling pathway); GO:0030247 (polysaccharide binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13947 (GUB_WAK_bind)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788978.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788978.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788978.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788978.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788978.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72760600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr1:72760612 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:72760618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B126,B80,C7,D11
Chr1:72760663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C19
Chr1:72760704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:72760714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C8
Chr1:72760739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:72760742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:72760745 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A6,B58,B64,B88
Chr1:72760746 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,D9
Chr1:72760750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:72760817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A6,B58,B64,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788978.1
623 aa
N
1
312
623
GUB_WAK_bind
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF13947 GUB_WAK_bind 29-86 aa PF00069 Pkinase 338-607 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 340-608 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788978.1 Pfam PF13947 GUB_WAK_bind Domain 29 86 3.1e-07 31.4 Wall-associated receptor kinase galacturonan-binding
XP_057788978.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 338 607 2.2e-44 152.6 Protein kinase domain
XP_057788978.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 340 608 2.3e-45 155.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932995.1
TTTCCCACCAAACATTTCAAAACTCTCCGTTATTATATAAAAACACATCAAATTTCCCAACAAATTCTAAACTCAATAACCACCGCCATGGCCGCCGCTCATCACCACCACCTCCACCTCCTCCTCGTCGCGGCGGCGCTGCTATCCTGCGCCGTCGTCTCCCTCCCCCCCTGCCCGCCCTGCGGCTCCAACCCCGTCCCCTACCCCCTCAGCACCGCCCCCACCTGCGGCGACTCCGCCTACAAAATCCGGTGCTCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005884
ATGGCCGCCGCTCATCACCACCACCTCCACCTCCTCCTCGTCGCGGCGGCGCTGCTATCCTGCGCCGTCGTCTCCCTCCCCCCCTGCCCGCCCTGCGGCTCCAACCCCGTCCCCTACCCCCTCAGCACCGCCCCCACCTGCGGCGACTCCGCCTACAAAATCCGGTGCTCCGGCGCCGGCGCCCTCCTCTTCGACTCCTCCAACAACACCTACCCCATCACCTCGATCTCCCCCTCCACGCAGCGCCTCACCATCGCCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057788978.1
MAAAHHHHLHLLLVAAALLSCAVVSLPPCPPCGSNPVPYPLSTAPTCGDSAYKIRCSGAGALLFDSSNNTYPITSISPSTQRLTIAPPSFRPGTCLAADLPSNGLQLSPSAPFNITSSNTIFYLNCSNSILNSPLNCTSTSLCHVYSNATASPCRGTQCCAFRAGGSTTAYRIRVREEGCRAYRSFVNLDPALPVDRWPQPAVELLWLLPPEPTCAAQADCGSGSTCGPDRNSNGVSRCFCHSGLEWDPVAGLCALECKD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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