Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005727

染色体: Chr01 坐标: 73413251-73416922 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005727
名称SmilChr01G005727
描述ankyrin repeat-containing protein ITN1
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73413251 - 73416922 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005886
GeneID131005886
locus_tag-
NCBI NameLOC131005886
原始查询LOC131005886

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ankyrin repeat-containing protein ITN1
产物ankyrin repeat-containing protein ITN1
ArabidopsisAT3G12360 (ITN1)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820414]
identity=81; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0281000
-
identity=74.5; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0008157 (protein phosphatase 1 binding); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity); GO:0035304 (GO:0035304)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF13962 (PGG)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057788980.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057788980.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057788980.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057788980.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057788980.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73413862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B44
Chr1:73413874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C2,C46
Chr1:73413991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr1:73414030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:73414141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:73414165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B44
Chr1:73414188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C49,C50,C64,C66
Chr1:73414497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B128,B36,C39,C56,C65
Chr1:73414859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B25,C13
Chr1:73414868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,D11
Chr1:73414940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr1:73415231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788980.1
585 aa
N
1
292
585
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_5
Ank_2
Ank
Ank
PGG
C
PF12796 Ank_2 74-183 aa PF00023 Ank 125-150 aa PF13637 Ank_4 129-180 aa PF00023 Ank 163-182 aa PF12796 Ank_2 164-252 aa PF00023 Ank 227-249 aa PF13606 Ank_3 227-251 aa PF13637 Ank_4 232-281 aa PF13857 Ank_5 247-285 aa PF12796 Ank_2 259-324 aa PF00023 Ank 262-286 aa PF00023 Ank 296-327 aa PF13962 PGG 409-515 aa
XP_057788981.1
489 aa
N
1
244
489
Ank_2
Ank
Ank_4
Ank
Ank_2
Ank_2
Ank
Ank_3
Ank_4
Ank_5
Ank_2
Ank
Ank_2
Ank
PGG
C
PF12796 Ank_2 26-87 aa PF00023 Ank 29-54 aa PF13637 Ank_4 33-84 aa PF00023 Ank 67-86 aa PF12796 Ank_2 68-156 aa PF12796 Ank_2 102-190 aa PF00023 Ank 131-153 aa PF13606 Ank_3 131-155 aa PF13637 Ank_4 136-185 aa PF13857 Ank_5 151-189 aa PF12796 Ank_2 163-228 aa PF00023 Ank 166-190 aa PF12796 Ank_2 179-243 aa PF00023 Ank 200-231 aa PF13962 PGG 313-419 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057788980.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 74 183 7e-45 152.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788980.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 125 150 1.4e-37 126.3 Ankyrin repeat
XP_057788980.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 129 180 1.3e-25 89.6 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057788980.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 163 182 1.4e-37 126.3 Ankyrin repeat
XP_057788980.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 164 252 7e-45 152.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788980.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 227 249 1.4e-37 126.3 Ankyrin repeat
XP_057788980.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 227 251 3.5e-31 104.1 Ankyrin repeat
XP_057788980.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 232 281 1.3e-25 89.6 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057788980.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 247 285 5e-33 113.5 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057788980.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 259 324 7e-45 152.3 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788980.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 262 286 1.4e-37 126.3 Ankyrin repeat
XP_057788980.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 296 327 1.4e-37 126.3 Ankyrin repeat
XP_057788980.1 Pfam PF13962 PGG Domain 409 515 2.3e-28 99.0 Domain of unknown function
XP_057788981.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 26 87 8.1e-60 200.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788981.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 29 54 1.2e-34 117.0 Ankyrin repeat
XP_057788981.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 33 84 2.5e-25 88.7 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057788981.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 67 86 1.2e-34 117.0 Ankyrin repeat
XP_057788981.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 68 156 8.1e-60 200.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788981.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 102 190 8.1e-60 200.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788981.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 131 153 1.2e-34 117.0 Ankyrin repeat
XP_057788981.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 131 155 8.5e-30 99.8 Ankyrin repeat
XP_057788981.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 136 185 2.5e-25 88.7 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057788981.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 151 189 6.2e-32 110.0 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057788981.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 163 228 8.1e-60 200.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788981.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 166 190 1.2e-34 117.0 Ankyrin repeat
XP_057788981.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 179 243 8.1e-60 200.1 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057788981.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 200 231 1.2e-34 117.0 Ankyrin repeat
XP_057788981.1 Pfam PF13962 PGG Domain 313 419 1.7e-28 99.5 Domain of unknown function

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057932997.1
AACAACAAATGGCTATAAAAAATAAGAAAACACACACACACACACACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCATTGGGAGCGGCTTCCCAACACTTTCCTGACTACTGTCGTTTAGCTCCCACCTTTTCCACCTTTCTTCCTCATCACCCACTTTACTCTTCCAAATTTGCAACCTTCACTAAATTTCCTCACAAATTTCTCAGCCTCTCGGTCATCTCTGGCTTGACTTACAACGATCATGTCTTCGCACGTCAAAGACGCTGC...
XM_057932998.1
AATTTGGTTATTTCTCTGTATCTTCTTGAAGAAACCATTCTATGCTTGCAACTTGCATCAAGATTTGTTAATTCAATCTCGTGGCAACGGGGTGAAGTTGTTTAGGAACTTAAATTTGATCAAAAGATATGATAATTAATCACTGATTATATCGGTGATTTATTTGGCTTCAAGCTTGAACATTTGGGGGAAAATTGAGGGTTTCTTTCTGCTACTCAACTGCAGCTGCTGATGGAGATTTAGAGAAGGAGTTGGTTAGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131005886
ATGTCTTCGCACGTCAAAGACGCTGCTGATGGAGATTTAGAGAAGGAGTTGGTTAGCCCTAAGCAAAGCCACAATCCGTTGGCGGAGCCATCGCCTGCGCCATCGCCATCCTCGTCTACAGCCCCGGCTCTTGTTCTATCGAATTCAGGGAAGCGGATCGACCAAGCTGGGAGAAAGAAGTACGTGAAGCAGGTGACCGGCCGCCACAATGATACGGAGCTGCATTTGGCAGCTCAAAGGGGCGATCTTGCAGCTGTGAA...
LOC131005886
ATGGTGGGGAGTTTGAGTGGTTCGGAATTTGACCAGGAGGTTGCGGAGATCAGGGCATCACTCGTGAGCGAGGGCAACGAGTTGGGAGAGACGGCGTTGTTTACTGCAGCGGAGAAAGGGCATCTTGATGTGGTTAAAGAGCTGATCAAATATGCAAACAAGGACACACTCGCGAAGAAGAATAGGTCATTGTTCGATCCTCTGCATATAGCTGCAAGTCAAGGACACCATGCAATTGTGCAAGTGCTGTTGGATCATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057788980.1
MSSHVKDAADGDLEKELVSPKQSHNPLAEPSPAPSPSSSTAPALVLSNSGKRIDQAGRKKYVKQVTGRHNDTELHLAAQRGDLAAVKQILEDINSQMVGSLSGSEFDQEVAEIRASLVSEGNELGETALFTAAEKGHLDVVKELIKYANKDTLAKKNRSLFDPLHIAASQGHHAIVQVLLDHDPGLSKTIGPSNATPLITAATRGHGAVVDELLSKDCSLLEIARSNGKNALHLAARQGHADIVKALLDKDPQLARRPDK...
XP_057788981.1
MVGSLSGSEFDQEVAEIRASLVSEGNELGETALFTAAEKGHLDVVKELIKYANKDTLAKKNRSLFDPLHIAASQGHHAIVQVLLDHDPGLSKTIGPSNATPLITAATRGHGAVVDELLSKDCSLLEIARSNGKNALHLAARQGHADIVKALLDKDPQLARRPDKKGQTALHMAVKGVNVEVVKHLLDADAAIVMLPDKFGNTALHIATRKKRAKIVNLLLRLPDTNVNALNRDGKTSLDIAEELPLSEESSEIKECLCHY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器