Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005553`

染色体: Chr01 坐标: 72359681-72363081 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005553`
名称	SmilChr01G005553
描述	receptor-like protein 7
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72359681 - 72363081 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005892`
GeneID	`131005892`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005892`
原始查询	`LOC131005892`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein 7
产物	receptor-like protein 7
Arabidopsis	`AT5G25910` (RLP52) receptor like protein 52 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832660] identity=39.1; qcov=0.994; evalue=1.2e-103; confidence=medium
Rice	`Os01g0161000` - identity=39.9; qcov=0.942; evalue=1.52e-97; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00560 (LRR_1); PF13516 (LRR_6); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005892

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057788992.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057788992.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057788992.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057788992.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057788992.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72359711`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B76
`Chr1:72359735`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	9	A6,B125,B127,B129,B90,B92,C59,C80,D4
`Chr1:72359883`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C74
`Chr1:72359892`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B127,D4
`Chr1:72359892`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B127,D4
`Chr1:72359995`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C86
`Chr1:72360079`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B130,C14,C35
`Chr1:72360079`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B130,C14,C35
`Chr1:72360112`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A16
`Chr1:72360127`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B50
`Chr1:72360187`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:72360426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B73,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057788992.1

532 aa

266

532

LRR_1

LRR_14

LRR_1

LRR_8

LRR_1

LRR_8

LRR_1

LRR_6

LRR_1

PF00560 LRR_1 4-25 aa PF23598 LRR_14 92-177 aa PF00560 LRR_1 98-120 aa PF13855 LRR_8 98-157 aa PF00560 LRR_1 122-144 aa PF00560 LRR_1 146-168 aa PF13855 LRR_8 146-206 aa PF13855 LRR_8 171-230 aa PF00560 LRR_1 196-217 aa PF13516 LRR_6 219-233 aa PF00560 LRR_1 219-241 aa PF00560 LRR_1 271-287 aa PF00560 LRR_1 339-357 aa PF00560 LRR_1 359-380 aa PF00560 LRR_1 384-405 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	4	25	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	92	177	1.2e-29	103.9	Leucine-rich repeat region
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	98	120	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	98	157	2.6e-39	133.5	Leucine rich repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	122	144	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	146	168	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	146	206	2.6e-39	133.5	Leucine rich repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF13855`	LRR_8	Repeat	171	230	2.6e-39	133.5	Leucine rich repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	196	217	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF13516`	LRR_6	Repeat	219	233	2e-08	34.4	Leucine Rich repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	219	241	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	271	287	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	339	357	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	359	380	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat
`XP_057788992.1`	Pfam	`PF00560`	LRR_1	Repeat	384	405	1.5e-50	158.9	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933009.1
TTCACTTGTAAAAATTTTCTTATAAATTTGATTAGTGGCTTGACTTTGATGATTCTACATTTTTATAGGTGTTATTCCAAATGAGATTGGCCATCTTAATAATTTGCTATATTTGTCCATTGATTCTAACAAATTGGGGGGCCCTTTGTTGCCGAGCTTTTTTAACATATCGTCTTTGAAGACTATTTCCTTGAGAGATAACTCTCTAAATGGGACATTGCCAAGAGAAATTGGTTACATGAAAGCTCTCAAGGAATTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005892
ATGAAAGCTCTCAAGGAATTATACCTCATCAACAATACTTTTACCGGTGTGATTCCAGAAGAGATCGGTGCCCTTGATAATTTAGCTGCATTGTACATGGCTTCCAACAACTTCATCGGCCGTTTGCCTCCAGTCATTTTCAACATGAAATCACTTATCGCATTATCTCTCGAGAAGAATGCTTTGACTGGTACCATTCCTAGAGAATTATTCACAGCTAAAATAGAGAGTATTGATCTCTCCACTAACCTTTTCGAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057788992.1
MKALKELYLINNTFTGVIPEEIGALDNLAALYMASNNFIGRLPPVIFNMKSLIALSLEKNALTGTIPRELFTAKIESIDLSTNLFEGSIPPNIEKSHNLTYLNLATNNLSSSIPSTIGNLHSLKTLILHSNNFIGQIPSSICNLTSLQFLHLSNNTLHGAIPKCLGHLSKSLQVLHLKENAFHGLIPRSFPNGCALESLDLNGNHLRGKLPQTLANCGKLQVLDVGNNRIQDEFPFWLQTLADLRVLVLSRNRFNGAVSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器