Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005561

染色体: Chr01 坐标: 72425603-72428599 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005561
名称SmilChr01G005561
描述7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72425603 - 72428599 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005904
GeneID131005904
locus_tag-
NCBI NameLOC131005904
原始查询LOC131005904

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
产物7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
ArabidopsisAT1G22380 (UGT85A3)
UDP-glucosyl transferase 85A3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838845]
identity=39.8; qcov=1.01; evalue=4.21e-118; confidence=medium
RiceOs07g0486700
-
identity=40.5; qcov=0.986; evalue=3.66e-117; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005904

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057789007.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057789007.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789007.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789007.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789007.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72425879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C62
Chr1:72426060 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:72426076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr1:72426195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr1:72427692 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C84,D4
Chr1:72427694 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C30
Chr1:72427694 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C30
Chr1:72427971 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B5
Chr1:72427971 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B5
Chr1:72428043 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:72428066 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C68
Chr1:72428066 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789007.1
483 aa
N
1
242
483
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 287-417 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789007.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 287 417 2.9e-27 96.4 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933024.1
GACTTCTCACAAATGAGAGTTTTTGAGTGCCTCAATTTTACCACTTGAACTAGACCTATCGACATATCATTACATCTATAAGTGCACAAAATCATATTGCAAGAATATGACTAAACCAAAATAGCAAAAAGATGAGTTCCGACTTAGAAGAGGAGCTGCCGCCGCACGTGGTGATTTTCCCATTTCCGGCGCAGGGCCACATGAATTGCATGCTCAATCTCGCTCATCTCTTCTGCTTAACCGACTTCCACGTCACCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005904
ATGAGTTCCGACTTAGAAGAGGAGCTGCCGCCGCACGTGGTGATTTTCCCATTTCCGGCGCAGGGCCACATGAATTGCATGCTCAATCTCGCTCATCTCTTCTGCTTAACCGACTTCCACGTCACCTTCGTCGTGTCGGAATTCAGCCACCGCCTCCTCCTCAAGAACACCTCCGTCCCCGCCACCTTCGCCGCCTATCCCGGCTTCCAGTTCCGGAGCATCCCCGACGGCCTCCCCGACGATCACCCCCGCAGCGGCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789007.1
MSSDLEEELPPHVVIFPFPAQGHMNCMLNLAHLFCLTDFHVTFVVSEFSHRLLLKNTSVPATFAAYPGFQFRSIPDGLPDDHPRSGARVADIVPAVANHMIPNFKKMMAEEDFLASPHRRPATCFVADGFHGFAADFAEENGLPLIYFRTPSASYLWAYFHVDHLIQAQEIPIKDKSMDGLVKGIPGMEGFLRRRDLPGFFRTDDVNDPLLQSLAAATRQIVRAQAVIFNTFDDLEGPIVSLMLEKLPRIFTIGPIHEQQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器