当前解析结果
SmilChr01G005565| 统一新 Gene ID | SmilChr01G005565 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G005565 |
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 72445802 - 72448002 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131005906 |
|---|---|
| GeneID | 131005906 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131005906 |
| 原始查询 | LOC131005906 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| 产物 | 7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like |
| Arabidopsis | AT1G78270 (UGT85A4)UDP-glucosyl transferase 85A4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844162] identity=38; qcov=0.994; evalue=5.95e-106; confidence=medium |
| Rice | Os07g0486700- identity=40.6; qcov=0.99; evalue=3.6e-115; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131005906 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057789009.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057789009.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057789009.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057789009.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057789009.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:72445963 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B41,B50 |
Chr1:72446056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B24,C60 |
Chr1:72446094 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B128,B130,B38,B72,C64 |
Chr1:72446098 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B128,B38,B72,C64 |
Chr1:72446168 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A10,B28,C80 |
Chr1:72446267 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B3,C5,C76 |
Chr1:72446267 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B3,C5,C76 |
Chr1:72446384 |
T |
TG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C3 |
Chr1:72446384 |
T |
TG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr1:72446389 |
TCA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C3 |
Chr1:72446389 |
TCA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr1:72446410 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,B17 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057789009.1PF00201
UDPGT 288-414 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057789009.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 288 | 414 | 2.1e-24 | 86.9 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。