Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005567`

染色体: Chr01 坐标: 72458824-72460743 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005567`
名称	SmilChr01G005567
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	72458824 - 72460743 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131005913`
GeneID	`131005913`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131005913`
原始查询	`LOC131005913`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
产物	7-deoxyloganetic acid glucosyl transferase-like
Arabidopsis	`AT1G78270` (UGT85A4) UDP-glucosyl transferase 85A4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844162] identity=38.4; qcov=1.01; evalue=2.74e-102; confidence=medium
Rice	`Os07g0486700` - identity=39.9; qcov=0.996; evalue=6.18e-109; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131005913

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057789016.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057789016.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789016.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789016.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789016.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:72458962`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B115,B21,B24,C45,C60
`Chr1:72458992`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B34,C1,C10
`Chr1:72458997`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	18	A2,B101,B126,B136,B14,B23,B34,B37,B40,B55,B56,B9,C1,C10,C5,C87,D10,D5
`Chr1:72459001`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	A2,B101,B126,B136,B14,B23,B34,B37,B40,B55,B9,C1,C10,C5,C87,D10
`Chr1:72459004`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C75
`Chr1:72459004`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C75
`Chr1:72459040`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,C58
`Chr1:72459049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,C58
`Chr1:72459082`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C63
`Chr1:72459086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B14,B75,C10,C53
`Chr1:72459088`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A16,C7
`Chr1:72459146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789016.1

478 aa

239

478

UDPGT

PF00201 UDPGT 287-414 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789016.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	287	414	6.3e-23	82.1	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933033.1
AATTTATTTGGATAAATTTGTGCCTCAAATTCATTCATCTATAAATAGCAATACTCCGCAATACTCAGAAACAAGAACAAAAATATTTAGCAAGATTTGAATAAGACGAAGATGAGCTCTGAACAAACAAAAGATCTCCCGCCGCACGTGCTGATTTTCCCTTATCCAATTCAGGGGCATCTCAACTCCATGCTCAATCTCGCGCATCTCTTCTGCATATCCGACTTCCACGTCACCTTCATCATCTCCGACTTCAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131005913
ATGAGCTCTGAACAAACAAAAGATCTCCCGCCGCACGTGCTGATTTTCCCTTATCCAATTCAGGGGCATCTCAACTCCATGCTCAATCTCGCGCATCTCTTCTGCATATCCGACTTCCACGTCACCTTCATCATCTCCGACTTCAACCACCGCCGCCTCCTCGAGCACACCACCGTCCCCGCCGCCTTCGCCCGCTACCCAGGGTTCCAGTTCCGCACTCTCCCCGACGGCCTCCCCGACGACCACCCCCGCGCCGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789016.1
MSSEQTKDLPPHVLIFPYPIQGHLNSMLNLAHLFCISDFHVTFIISDFNHRRLLEHTTVPAAFARYPGFQFRTLPDGLPDDHPRAGESVVDLVFSVEKVTAPLFKKMMLHENFLAGGAARRRVTCFVADVMRFVPDFAREHDLPFIFYHTTSAAFSWLYFCSTQLLHEIPLRGKSMDGLVESVAGMEGFLRWRDLPSHYRADDVNDPILQGTIERLSVKERIIFNTCEDLEGPIVAEIQKHVPRIFSIGPIHEQIKSRLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器