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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001545

染色体: Chr01 坐标: 29448734-29450543 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001545
名称SmilChr01G001545
描述glutathione S-transferase T3-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向29448734 - 29450543 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005921
GeneID131005921
locus_tag-
NCBI NameLOC131005921
原始查询LOC131005921

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutathione S-transferase T3-like
产物glutathione S-transferase T3-like
ArabidopsisAT5G41220 (GSTT3)
glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124]
identity=27; qcov=0.621; evalue=5.12e-13; confidence=low
RiceOs11g0303800
-
identity=28.1; qcov=0.946; evalue=2.72e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005921

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789028.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789028.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789028.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789028.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057789028.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:29448738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B101,B110,C1,C59
Chr1:29448771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B101
Chr1:29448836 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,C43
Chr1:29448886 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr1:29449016 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 11 B104,B112,B5,B57,B73,B98,C15,C19,C36,C43,D9
Chr1:29449100 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B126
Chr1:29449100 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B126
Chr1:29449210 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B111
Chr1:29449216 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr1:29449218 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A19
Chr1:29449254 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B83,C45,C60
Chr1:29449254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B83,C45,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933045.1
ATGGGTCGTGGATTCGATGAATACCTCGAGCAACAAGGCGGATCGAGGCTTCCAATGATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAACCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCATGCCGGCGGCAAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGGGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTGCATATTCTAGCGAGGAGTCCGAGCTCGTGGCAATCTTGTGGGCGGAGGCAACATACAATCCTATTTTGGGGTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005921
ATGGGTCGTGGATTCGATGAATACCTCGAGCAACAAGGCGGATCGAGGCTTCCAATGATGGGGTTTGCTCCATTTTCACAAACCTCCAATGTCTTGGCTACGGGAAATGTTCCCATGCCGGCGGCAAACGCCAACGTCCAAGAAGAGCCGGGGGAGGTGAAGCCGAAAGCCAAGGGCACCCGCGCTGCATATTCTAGCGAGGAGTCCGAGCTCGTGGCAATCTTGTGGGCGGAGGCAACATACAATCCTATTTTGGGGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789028.1
MGRGFDEYLEQQGGSRLPMMGFAPFSQTSNVLATGNVPMPAANANVQEEPGEVKPKAKGTRAAYSSEESELVAILWAEATYNPILGSSQKLLQYWRAIAEKFNALNTLGAPPRKSDHLKSHFARVQKETKFFEGFYNTCKDNSGSGMSDDQIFQQAQTMFEANFKKQFSYVKAWKVLRECQRFTSQAGDVHSAKKSKGSDEAG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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