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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005655

染色体: Chr01 坐标: 72905082-72906357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005655
名称SmilChr01G005655
描述putative glycosyltransferase 7
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72905082 - 72906357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005936
GeneID131005936
locus_tag-
NCBI NameLOC131005936
原始查询LOC131005936

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative glycosyltransferase 7
产物putative glycosyltransferase 7
ArabidopsisAT2G22900 (AT2G22900)
Galactosyl transferase GMA12/MNN10 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816821]
identity=43.9; qcov=0.989; evalue=1.59e-100; confidence=medium
RiceOs02g0723200 (OsGT7)
-
identity=42.4; qcov=0.913; evalue=4.17e-82; confidence=medium
GOGO:0005768 (endosome); GO:0005802 (trans-Golgi network); GO:0008378 (galactosyltransferase activity); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF05637 (Glyco_transf_34)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057789040.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057789040.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789040.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789040.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789040.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:72905222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr1:72905229 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 4 A1,B67,C58,D3
Chr1:72905229 A AC 1bp_insertion CDS_variant 4 A1,B67,C58,D3
Chr1:72905353 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 B16
Chr1:72905353 ACG A 2bp_deletion CDS_variant 1 B16
Chr1:72905386 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B124,C61
Chr1:72905426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:72905450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B65,B73
Chr1:72905482 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr1:72905557 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B132,C34,C59
Chr1:72905715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr1:72905750 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B80,C33,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789040.1
380 aa
N
1
190
380
Glyco_transf_34
C
PF05637 Glyco_transf_34 97-324 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789040.1 Pfam PF05637 Glyco_transf_34 Family 97 324 1.9e-22 80.9 galactosyl transferase GMA12/MNN10 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933057.1
GTATCATTATGCACAATATATTGACATATTCCATGAAATATTATTAATTAACAAATGGCGAGACACAATCTCCAAACCTTATGCATCGGAGCTGCGGCGTCAGCTGTAATACTATTTCTCCCTTTGTGGAGCTTCACCATGATCACCACCACTCCCAAATCCGACGTCGTTTGCGGGCTGCAGGCCCGTGCAAAAGCCCGCATCGAAACGGGCCGAGAATCGAAGGATCCGACATTCTACGACGACAACACGACTACATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005936
ATGGCGAGACACAATCTCCAAACCTTATGCATCGGAGCTGCGGCGTCAGCTGTAATACTATTTCTCCCTTTGTGGAGCTTCACCATGATCACCACCACTCCCAAATCCGACGTCGTTTGCGGGCTGCAGGCCCGTGCAAAAGCCCGCATCGAAACGGGCCGAGAATCGAAGGATCCGACATTCTACGACGACAACACGACTACATTATACAGCATAGACGAGCCCGTGATAGCGTGGGACGAGAAGAGAAGCCGTTGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789040.1
MARHNLQTLCIGAAASAVILFLPLWSFTMITTTPKSDVVCGLQARAKARIETGRESKDPTFYDDNTTTLYSIDEPVIAWDEKRSRWFELHPTFSPSENRLLVVTGSRPPACRSSIGDHFLLRSFKNKVDYCRIHGYNVFYSDGFSNWAVIRAAMVAHPQVEWLLWAEAHVVYTDMDFEIPLERYKDHNLVVHGRPEAMKMGPGSGPGLFLIRNCEWSMQFLDIWAGMGPGPEYRKWGGILESTFKDMIYVENLNLEGDSW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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