Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005760

染色体: Chr01 坐标: 73700573-73701783 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005760
名称SmilChr01G005760
描述probable membrane-associated kinase regulator 4
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73700573 - 73701783 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131005948
GeneID131005948
locus_tag-
NCBI NameLOC131005948
原始查询LOC131005948

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable membrane-associated kinase regulator 4
产物probable membrane-associated kinase regulator 4
ArabidopsisAT2G39370 (MAKR4)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818522]
identity=40.6; qcov=0.936; evalue=2.43e-34; confidence=medium
RiceOs01g0836900
-
identity=34.7; qcov=1; evalue=1.5e-35; confidence=low
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131005948

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789055.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057789055.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789055.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057789055.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789055.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73700848 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:73700859 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A22
Chr1:73700870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr1:73700899 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 A22
Chr1:73700899 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 A22
Chr1:73700915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B123,B52,C10
Chr1:73700936 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,B24,B70
Chr1:73701146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr1:73701147 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr1:73701167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B123,B52,C10
Chr1:73701202 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:73701219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933072.1
ACAAAATCTACAACCCAAAAACTCATCAATAGCCCAAAAAAATGCTACAAAATCTCCACAACTCATACTCAGATTCATCATCAACAACATCATCATCATCTCAAGAAGAGGACTACATCAACATGGAAGTGGACGGCCACCACCACCACTCCTTCGACAGCAGCATCTTCAACCAATCCTCGAGCAACGAGTTCGAATTCCACCAAAGCTTCTCGAGCTCGTCCGACCGGGACCCCCACGCCACGACATCCCCGGCGGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131005948
ATGCTACAAAATCTCCACAACTCATACTCAGATTCATCATCAACAACATCATCATCATCTCAAGAAGAGGACTACATCAACATGGAAGTGGACGGCCACCACCACCACTCCTTCGACAGCAGCATCTTCAACCAATCCTCGAGCAACGAGTTCGAATTCCACCAAAGCTTCTCGAGCTCGTCCGACCGGGACCCCCACGCCACGACATCCCCGGCGGACGAGCTCTTCTACATGGGGAAGCTCCTCCCCCTCCACCTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789055.1
MLQNLHNSYSDSSSTTSSSSQEEDYINMEVDGHHHHSFDSSIFNQSSSNEFEFHQSFSSSSDRDPHATTSPADELFYMGKLLPLHLPPRLEMVHKILHSTNPFHAPKGALGGYEDEPFSTPLFTPTAATPFESCNISPSESCEVSRELTPDDYKHILVEYSSINGGPGPGPGPTTCAAILDEKKSWARKMKMIKQSSSSSSSRIKWTSYIKSLFTKSSGCTSQHSAAAVSKARNDNQSKYAKKLAPFGQIKYDKNDNLVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器