Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005715`

染色体: Chr01 坐标: 73356046-73359197 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005715`
名称	SmilChr01G005715
描述	probable ubiquitin-like-specific protease 2B
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	73356046 - 73359197 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006001`
GeneID	`131006001`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006001`
原始查询	`LOC131006001`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable ubiquitin-like-specific protease 2B
产物	probable ubiquitin-like-specific protease 2B
Arabidopsis	`AT1G09730` (AT1G09730) Cysteine proteinases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837501] identity=47.5; qcov=0.765; evalue=3.82e-38; confidence=medium
Rice	`Os05g0207900` - identity=41.8; qcov=0.883; evalue=2.35e-37; confidence=medium
GO	GO:0006508 (proteolysis); GO:0008234 (cysteine-type peptidase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02902 (Peptidase_C48)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006001

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057789136.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057789136.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057789136.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789136.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789136.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:73356192`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B36
`Chr1:73356728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr1:73356737`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A8,B131,C49,C79,C87
`Chr1:73356764`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr1:73356847`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr1:73356898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,B36
`Chr1:73357044`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	53	A13,A8,B1,B100,B110,B115,B127,B128,B131,B134,B135,B14,B17,B20,B22,B23,B26,B3,B34,B35,B40,B42,B43,B56,B58,B63,B81,B82,B85,B86,B91,B96,B97,B98,C1,C16,C19,C28,C44,C45,C48,C49,C6,C69,C71,C75,C78,C79,C8,C87,D3,D7,D8
`Chr1:73357059`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B71
`Chr1:73357097`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,B71
`Chr1:73357122`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C78
`Chr1:73357122`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C78
`Chr1:73357126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B8,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789136.1

179 aa

179

Peptidase_C48

PF02902 Peptidase_C48 2-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789136.1`	Pfam	`PF02902`	Peptidase_C48	Domain	2	162	6.5e-19	69.3	Ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933153.1
ATTTGCTAATCTTAGTTTTGTTTTTGTTTCGGTAAATAGTTGAATTTTGATGTTATTTTATTTGCCTAGTATGTCCGTGTGGCAGCATATCTCTACACGAATGTATGGAAGAGTTGTTTTGACAAAAAACAAGGATACCGAGCCATGCTTGACCCAACATTTGCGGTTTGGAAAAACTGCTATGCCTGATTGGTTTTTGTTGCAGTGTCGTGCTGCGCAAGGATACTCCGATTTTTCAAAGTATACCAAACATATCAGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006001
ATGTTCAGTCCTTTTTTCTTTCAGAAGATTCTCAATAATAAAAACAGCTTTGGAGCAGTTGATTTTGAGTTTGTACATTCATGGACAAATGATGTGAATCTTTTTCAAAAAGATTATGTGCTGATTCCTTTATGCATGAGTGAACATTGGAGTTTGATTATCATCTGCTATCCTGGACAAGTGGCCCTTTTAGGCGAAAAAAATATGGATGGGTCAACGGAAGTGCCATGTATTCTACACTTTGACTCCATTAAAGGAAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789136.1
MFSPFFFQKILNNKNSFGAVDFEFVHSWTNDVNLFQKDYVLIPLCMSEHWSLIIICYPGQVALLGEKNMDGSTEVPCILHFDSIKGRHADARIEETIRRYLFDHWKVKEGVNEQENERIENNFLSLKFSSLELPMQENSYDCGVFLLHYVEQFLELTSNRTTDFMEQLDQNCEGNPTCR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器