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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005546

染色体: Chr01 坐标: 72265015-72269057 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005546
名称SmilChr01G005546
描述probable cyclic nucleotide-gated ion channel 5
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向72265015 - 72269057 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006022
GeneID131006022
locus_tag-
NCBI NameLOC131006022
原始查询LOC131006022

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable cyclic nucleotide-gated ion channel 5
产物probable cyclic nucleotide-gated ion channel 5
ArabidopsisAT5G57940 (CNGC5)
cyclic nucleotide gated channel 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835905]
identity=85.1; qcov=0.858; evalue=5.41e-66; confidence=high
RiceOs12g0468500 (OsCNGC17)
-
identity=58.9; qcov=1.07; evalue=3.75e-54; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF00520 (Ion_trans)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789158.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789158.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789158.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789158.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789158.1
148 aa
N
1
74
148
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 1-122 aa
XP_057789159.1
141 aa
N
1
70
141
Ion_trans
C
PF00520 Ion_trans 1-121 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789158.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 1 122 4.1e-06 26.9 Ion transport protein
XP_057789159.1 Pfam PF00520 Ion_trans Family 1 121 1.1e-05 25.5 Ion transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933176.1
GCTATTAGCTTAGTTCTAGTATTAAATTGTCTGTTGAAATTTGGGGCAAAAAAGTGTTGGATAAATTTTGACTTCACCTCTGGAATCTCTCTCTCTCTCTCATGTTGCTGGAAGAAACGCGAATTGATGGCGTGATATATGTGGAATTTTGCTTAAAATTTCATTTAATCATACAAAATGTTTGATTGTGGTCCAAAGACTCAATACATCACTGGGCAGCGGGACAAGTTTGTAAGATTGGATGACTTGGATTCCAGACT...
XM_057933175.1
TAGCTATTAGCTTAGTTCTAGTATTAAATTGTCTGTTGAAATTTGGGGCAAAAAAGTGTTGGATAAATTTTGACTTCACCTCTGGAATCTCTCTCTCTCTCTCATGTTGCTGGAAGAAACGCGAATTGATGGCGTGATATATGTGGAATTTTGCTTAAAATTTCATTTAATCATACAAAATGTTTGATTGTGGTCCAAAGACTCAATACATCACTGGGCAGCGGGACAAGTTTGTAAGATTGGATGACTTGGATTCCAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131006022
ATGGTTCTCCAATTCCGGACTGCTTATATAGCCCCATCATCCCGTGTGTTTGGGCGAAGTGAACTTGTAATTGATCCTGGACAGATTGCTAAGCGGTACTTGAAGTGCTATTTCATCATTGATTTCCTTGCAGTGCTTCCCCTCCCACAGATTGTTGTCTGGAGATTTCTGCAGAGGTCAAATGGATCAGATGTACTGGCTACAAAGCAAGCATTATTTTTCATCATTTTGCTCCAATATATTCCTAGATTCACCCGAAT...
LOC131006022
ATGGTTCTCCAATTCCGGACTGCTTATATAGCCCCATCATCCCGTGTGTTTGGGCGAAGTGAACTTGTAATTGATCCTGGACAGATTGCTAAGCGGTACTTGAAGTGCTATTTCATCATTGATTTCCTTGCAGTGCTTCCCCTCCCACAGATTGTTGTCTGGAGATTTCTGCAGAGGTCAAATGGATCAGATGTACTGGCTACAAAGCAAGCATTATTTTTCATCATTTTGCTCCAATATATTCCTAGATTCACCCGAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057789158.1
MVLQFRTAYIAPSSRVFGRSELVIDPGQIAKRYLKCYFIIDFLAVLPLPQIVVWRFLQRSNGSDVLATKQALFFIILLQYIPRFTRIMPLTSELKRTSGVFAETAWAGAVSYLLLYMLASHLATRGYDDCWMVLQSIIRMCTRTMSDK
XP_057789159.1
MVLQFRTAYIAPSSRVFGRSELVIDPGQIAKRYLKCYFIIDFLAVLPLPQIVVWRFLQRSNGSDVLATKQALFFIILLQYIPRFTRIMPLTSELKRTSGVFAETAWAGAVSYLLLYMLASHGCDNCSSADIRIEDIPNCVN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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