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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005761

染色体: Chr01 坐标: 73714126-73716841 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005761
名称SmilChr01G005761
描述ABC transporter G family member 6-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73714126 - 73716841 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006062
GeneID131006062
locus_tag-
NCBI NameLOC131006062
原始查询LOC131006062

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ABC transporter G family member 6-like
产物ABC transporter G family member 6-like
ArabidopsisAT3G55090 (ABCG16)
ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824675]
identity=72.6; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0281900 (ABCG5)
-
identity=64.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGGsmil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006062

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057789183.1
2 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057789183.1
3 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057789183.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057789183.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789183.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73714416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B24
Chr1:73714458 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:73714470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B90,B92
Chr1:73714502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C57,C60,C84
Chr1:73714524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr1:73714551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:73714582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C2,C5
Chr1:73714587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B49,D5
Chr1:73714624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B20,B40,C37,C79
Chr1:73714630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr1:73714635 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr1:73714636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789183.1
735 aa
N
1
368
735
ABC_tran
ABC2_membrane
C
PF00005 ABC_tran 120-272 aa PF01061 ABC2_membrane 433-639 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789183.1 Pfam PF00005 ABC_tran Domain 120 272 6e-26 92.4 ABC transporter
XP_057789183.1 Pfam PF01061 ABC2_membrane Domain 433 639 5.6e-50 170.5 ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933200.1
AGAGCTAACCCCTACTATGCCATTTATAAGGTTGGCCACCTCTTTTGCTTTCTTAGACAAAACACATCTCCCTATTAATTCCTACTTTCTTTTCTTGTTTAATCTAAATCTAAATTTAAATTTAAATTTAATTGTGCTCATCTCCTATTAAACACCACATTAAACCCCTCTCTCTCTCCCTCTCCCTCTCCACCAACACCATTCGATCATCGTCGCCGCCGCCGCCTCCGCGGCCGATTTTTTTCACACACAACACACAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006062
ATGTCAAGAGTCGTATCGCTCTCCCCCGTCCGCGACAGCCTCCCCTTCTACAACAGAAGAGAAGCGGAGGCGGAATTTGAGACAACATCACGCGCCGCCGCCGCGGCAGCATGCACCTCGTCCTCCACCACGCTCGGCCAGCTCCTGAAGTGCGTCGGCGACGTGCGGAAGGAAGCCGTCGGCGACGAAACTCCGGTGCACCAGGTGCTCGACATGAGCGACGACGCCGCCGCCGAGCCGCGGACGATCCCCTTCGTCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789183.1
MSRVVSLSPVRDSLPFYNRREAEAEFETTSRAAAAAACTSSSTTLGQLLKCVGDVRKEAVGDETPVHQVLDMSDDAAAEPRTIPFVLAFSHLTYSVKSRRRAAVFRPRAADDLPGAKIILDDISGEARDGEIMAVMGASGSGKSTLIDALANRMAKESLKGSITLNGEQLESRLLKVISAYVMQDDLLFPMLTVEETLMFAAEFRLPRTLSRSKKKLRVEALIDQLGLRGAAGTVIGDEGHRGVSGGERRRVSIGTDIIH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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