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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005768

染色体: Chr01 坐标: 73759549-73760858 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005768
名称SmilChr01G005768
描述uncharacterized SmilChr01G005768
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向73759549 - 73760858 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006071
GeneID131006071
locus_tag-
NCBI NameLOC131006071
原始查询LOC131006071

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0007142 (male meiosis II)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006071

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057789195.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057789195.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057789195.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057789195.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789195.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:73759707 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 43 A15,A21,A25,A4,A8,B101,B103,B114,B12,B122,B123,B13,B137,B17,B19,B21,B38,B39,B5,B51,B52,B55,B65,B70,B75,B84,B88,B89,B97,C10,C20,C33,C35,C50,C56,C57,C65,C71,C76,C80,C87,D2,D4
Chr1:73759741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr1:73759749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B7,C83
Chr1:73759757 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B109
Chr1:73759757 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:73759773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B74,B91,C6
Chr1:73759844 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 8 A19,A5,B46,B68,C2,C37,C53,C82
Chr1:73759848 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 8 A19,A5,B46,B68,C2,C37,C53,C82
Chr1:73759883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B101,B13,C71
Chr1:73759908 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr1:73759937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr1:73759958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933212.1
GGTCACATTTTTAAAAACCAACTGTGTAAATCTTAAAGCGTCTCCCAATTCTCCTCCAAATCCCTCTACGCCATTTCACACTGAAAAATATTCTCCACCAAATTAAAAGAAATAAAAGAAAATCAAGAAAAGTTTTTGGCAAAGAATCACTTCATTCAACATGGGATGTTTTCCTGCTTGCTTTGGCCATTTGAGGCGTGATCTAACCACAAAAAAGGTCCAACATCAGTGTTTGTCTCCCAGCAATGAGCAGCATGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006071
ATGGGATGTTTTCCTGCTTGCTTTGGCCATTTGAGGCGTGATCTAACCACAAAAAAGGTCCAACATCAGTGTTTGTCTCCCAGCAATGAGCAGCATGAATCTGTGAAACTCTTAACAGAAAAAACAGAATCACAGAAAGAGGAGGAGATTGTTGCTAATCCCATCAAGCTCATTTCACAATTTGAAGAAGAAACAGTTTCTGATGACTCAAATGCCAAGAAAGTTAGTAATGAGAGTGAAAATGGCAAAGTTGAAATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789195.1
MGCFPACFGHLRRDLTTKKVQHQCLSPSNEQHESVKLLTEKTESQKEEEIVANPIKLISQFEEETVSDDSNAKKVSNESENGKVEMEREKEREESLLMSEKEESCCSSLFTLSIDSRRQFFAAEMGEKEVSSLLKIKINNNTSSKHQDEEKESKDPMIEEQKSDRQCKGNEMAVETSLSSWLVDAEKSPESENNYGAIADISKLNGISTPTPCCSGDEQPGIGTVGRYWRQRGEATSGEVSSGLTGGLASVEAS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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