Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005794`

染色体: Chr01 坐标: 74029732-74031621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005794`
名称	SmilChr01G005794
描述	ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74029732 - 74031621 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006101`
GeneID	`131006101`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006101`
原始查询	`LOC131006101`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
产物	ubiquitin C-terminal hydrolase 12-like
Arabidopsis	`AT3G17380` (AT3G17380) TRAF-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821002] identity=37.9; qcov=0.976; evalue=6.99e-36; confidence=medium
Rice	`Os01g0771400` (OsM2) - identity=29.4; qcov=0.606; evalue=6.03e-08; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00917 (MATH); PF22486 (MATH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006101

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057789232.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057789232.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057789232.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789232.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057789232.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74029823`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B140
`Chr1:74029823`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B140
`Chr1:74029828`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,B63
`Chr1:74029850`	`G`	`GGA`	2bp_insertion	frameshift_variant	10	A22,B104,B129,B140,B24,B46,B95,C4,C75,D10
`Chr1:74030384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B126,B128,B64,C80
`Chr1:74031074`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	A21
`Chr1:74031074`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	CDS_variant	1	A21
`Chr1:74031182`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A22,B104,B11,B124,C36,C61,C78
`Chr1:74031310`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr1:74031321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr1:74031324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr1:74031358`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789232.1

208 aa

104

208

MATH_2

MATH

PF22486 MATH_2 30-154 aa PF00917 MATH 36-156 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789232.1`	Pfam	`PF22486`	MATH_2	Domain	30	154	1.2e-29	104.0	MATH domain
`XP_057789232.1`	Pfam	`PF00917`	MATH	Domain	36	156	1.7e-06	29.0	MATH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933249.1
GACTCTTAATTAAACTATTTAAGTAGAGAATTTTGAGGATTGAGAGACAAGGAAGAGAAATTTCTCAACAGAGGCTTCGACAATGGCACTGCTTCCCCCTTCAAAAAAATTAAAAACAGCCGAGGATCAAGATCAATACACTATGGAAACAAGAGACATTTCGCCAGCACACTTGCTAACCAAAATCGAGTCTTTTTCAAGGCTATGGAATCATGAGACTAAGACATTAGAATCTTCGGAATTTGAGTCAGGAGACTACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006101
ATGGCACTGCTTCCCCCTTCAAAAAAATTAAAAACAGCCGAGGATCAAGATCAATACACTATGGAAACAAGAGACATTTCGCCAGCACACTTGCTAACCAAAATCGAGTCTTTTTCAAGGCTATGGAATCATGAGACTAAGACATTAGAATCTTCGGAATTTGAGTCAGGAGACTACAAATGGAAAGTGACAATCAATCTTGATGACAATGGCCACATTTCTGTATACTTGTCTTTGGTTGGAACAGCCTCTCTACCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789232.1
MALLPPSKKLKTAEDQDQYTMETRDISPAHLLTKIESFSRLWNHETKTLESSEFESGDYKWKVTINLDDNGHISVYLSLVGTASLPAGWEVNVIFNFFLFNHISDNYLCFRGKARRIRAINPECGFYKLITKESLKEASHGYLFKDKCVFGAEVFVIKNQPPLVQNVRAHHVSINPYKQEWKISNFSKLEGMWKSEEFCTGGYKWYLF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器