Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G005798`

染色体: Chr01 坐标: 74058584-74062104 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G005798`
名称	SmilChr01G005798
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	74058584 - 74062104 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131006108`
GeneID	`131006108`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131006108`
原始查询	`LOC131006108`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=24.1; qcov=0.953; evalue=4.88e-36; confidence=weak
Rice	`Os07g0186500` - identity=26.8; qcov=0.785; evalue=3.31e-35; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131006108

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057789244.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057789244.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057789244.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057789244.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057789244.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:74058733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr1:74058770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,A2,B122
`Chr1:74058798`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	9	A24,B117,B42,B82,C31,C43,C46,C81,C83
`Chr1:74058830`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C41
`Chr1:74058883`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B110
`Chr1:74058993`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B128
`Chr1:74059034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr1:74059074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:74059121`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B14
`Chr1:74059173`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:74059235`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr1:74059253`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B27,C2,C58,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789244.1

907 aa

454

907

NB-ARC

PF00931 NB-ARC 194-344 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057789244.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	194	344	9e-22	78.2	NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057933261.1
TCTTTTTTTGAAACCATTTTCTTTTCATTTTGACCATTGCCAAGCTATTTCGACTTCATTTCTCCCTCAAAAAAAGAAAAAAGCTCTTCCGACTTCATTCCTTCCTCCACCGCCGCCGCCGCCACCAGAGAGAATGACGGCTTATGGTGCACTGAATTCTCTGAGAAATACAATTGATTATATTCTCCATTCTTTTCATTTTAGCCTTGTTCACCTTTCTCGAAGCATCATAAGCTTTGCCTACGAGGAGTTGCAGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131006108
ATGACGGCTTATGGTGCACTGAATTCTCTGAGAAATACAATTGATTATATTCTCCATTCTTTTCATTTTAGCCTTGTTCACCTTTCTCGAAGCATCATAAGCTTTGCCTACGAGGAGTTGCAGCCGTTGCAAGAAATTCTTGAAAAATTGGACAGCACGAGGACAAGCAAGAGCAGGAAGAAGGTGAATGCTTTGGATGGAAGAATCAGAGAGTTGATTTGGGAATTCCAACACTTGCTGGAATCCCTTCTCTCGCAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057789244.1
MTAYGALNSLRNTIDYILHSFHFSLVHLSRSIISFAYEELQPLQEILEKLDSTRTSKSRKKVNALDGRIRELIWEFQHLLESLLSQQILSQADQVYDEMKERVSEFQGERIRFSIDMQFLQHEVLSFIERLKDLEEEYIYEVDNMPEDEDEDDDEQSIVSSRSETKSKMIGLSDQVQQLKVDIMEGYGRISNGSTVVVGAAGIGKTALAEAVFEDPEILSHIEHRAWVRVGRKSRFDEVSRGILAQMFGITQGDGELGAY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器