Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005802

染色体: Chr01 坐标: 74093685-74096186 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005802
名称SmilChr01G005802
描述uncharacterized SmilChr01G005802
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74093685 - 74096186 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006110
GeneID131006110
locus_tag-
NCBI NameLOC131006110
原始查询LOC131006110

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ubiquitin-associated protein (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816965]; symbol=AT2G24290; hit=AT2G24290; species=arabidopsis; confidence=medium
产物ubiquitin-associated protein (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816965]; symbol=AT2G24290; hit=AT2G24290; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT2G24290 (AT2G24290)
ubiquitin-associated protein (DUF1068) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816965]
identity=43.3; qcov=0.73; evalue=6.51e-32; confidence=medium
RiceOs03g0777500 (OSJNBa0010I09.2)
-
identity=38.3; qcov=0.885; evalue=1.53e-27; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF06364 (DUF1068)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006110

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057789246.1
2 Nucleus membrane 核膜 0.80000 XP_057789246.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057789246.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057789246.1
5 Nucleus inner membrane Nucleus inner membrane 0.20000 XP_057789249.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74093825 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr1:74093870 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A16
Chr1:74093902 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:74093924 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:74093984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B117,B38,B63,D6
Chr1:74093990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B76
Chr1:74093996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C79
Chr1:74094005 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B42,B43,C32,C68
Chr1:74094017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,C79
Chr1:74094041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B4,B66,C82,D11
Chr1:74094607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B126
Chr1:74095729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057789246.1
182 aa
N
1
91
182
DUF1068
C
PF06364 DUF1068 17-173 aa
XP_057789247.1
182 aa
N
1
91
182
DUF1068
C
PF06364 DUF1068 17-173 aa
XP_057789248.1
182 aa
N
1
91
182
DUF1068
C
PF06364 DUF1068 17-173 aa
XP_057789249.1
174 aa
N
1
87
174
DUF1068
C
PF06364 DUF1068 17-165 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057789246.1 Pfam PF06364 DUF1068 Family 17 173 3.8e-49 167.5 Protein of unknown function (DUF1068)
XP_057789247.1 Pfam PF06364 DUF1068 Family 17 173 3.8e-49 167.5 Protein of unknown function (DUF1068)
XP_057789248.1 Pfam PF06364 DUF1068 Family 17 173 3.8e-49 167.5 Protein of unknown function (DUF1068)
XP_057789249.1 Pfam PF06364 DUF1068 Family 17 165 9.3e-43 146.7 Protein of unknown function (DUF1068)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933264.1
CGAAAACTAAAAAACTCTTTTACGTTCAAAGTGGATCTGCCATTAATCAAAGAGTATTTGCATTTGCCTCGATTTCATCAGCAGCATTTCTCACTCTAAACCATCTCCAAAATCTAGGTTTTCAGCTCGTCGTAGGAATCGTCGTTCGAAGCATGATCGATTCTCTAGTAATCGTAGCCGCTACGCAGAGAAGGTGTTGAATTCGATCCCACATTGTTATTCAGTTCTTTTGAGTTATGGCTATTTCACACTCAGCCTCG...
XM_057933266.1
CTAAAAAACTCTTTTACGTTCAAAGTGGATCTGCCATTAATCAAAGAGTATTTGCATTTGCCTCGATTTCATCAGCAGCATTTCTCACTCTAAACCATCTCCAAAATCTAGGTTTTCAGCTCGTCGTAGGAATCGTCGTTCGAAGCATGATCGATTCTCTAGTAATCGTAGCCGCTACGCAGAGAAGGTGTTGAATTCGATCCCACATTTTCTTTTGAGTTATGGCTATTTCACACTCAGCCTCGGATTTGAGGGTGAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131006110
ATGGCTATTTCACACTCAGCCTCGGATTTGAGGGTGAATCGCGTCAAGGTTTTGAGGATGGTGTTGGTATTAGTTGGATTGTTGATGATTTGTTGTGTGGAGAGGCATTCCAAAAAGTATTCAGCTGCATTGGCTCTCTCGTGCTCGCCTTGCTCATGTGATTGCGTTTCCGACACCACTCTCATGTCTTTGCCATCTGACTGTGGGAAAGATGATCCTGAAACAAGGGATGAGATGAAGAAGGATATGATCGCTCTACT...
LOC131006110
ATGGCTATTTCACACTCAGCCTCGGATTTGAGGGTGAATCGCGTCAAGGTTTTGAGGATGGTGTTGGTATTAGTTGGATTGTTGATGATTTGTTGTGTGGAGAGGCATTCCAAAAAGTATTCAGCTGCATTGGCTCTCTCGTGCTCGCCTTGCTCATGTGATTGCGTTTCCGACACCACTCTCATGTCTTTGCCATCTGAGGACTTCAATACCTCATTTGCAGACTGTGGGAAAGATGATCCTGAAACAAGGGATGAGAT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057789246.1
MAISHSASDLRVNRVKVLRMVLVLVGLLMICCVERHSKKYSAALALSCSPCSCDCVSDTTLMSLPSEDFNTSFADCGKDDPETRDEMKKDMIALLTEEISLHANVTGDSLQRTNVLITSAKRASSHFQKEANKCIAGVETCEAARERAGAALIEERKLTALWMSRAQDYGWKDDMNNMNEIL
XP_057789247.1
MAISHSASDLRVNRVKVLRMVLVLVGLLMICCVERHSKKYSAALALSCSPCSCDCVSDTTLMSLPSEDFNTSFADCGKDDPETRDEMKKDMIALLTEEISLHANVTGDSLQRTNVLITSAKRASSHFQKEANKCIAGVETCEAARERAGAALIEERKLTALWMSRAQDYGWKDDMNNMNEIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器