Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G005815

染色体: Chr01 坐标: 74141894-74144092 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G005815
名称SmilChr01G005815
描述uncharacterized SmilChr01G005815
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向74141894 - 74144092 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131006120
GeneID131006120
locus_tag-
NCBI NameLOC131006120
原始查询LOC131006120

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]; symbol=AT1G51172; hit=AT1G51172; species=arabidopsis; confidence=weak
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]; symbol=AT1G51172; hit=AT1G51172; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT1G51172 (AT1G51172)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3767434]
identity=30.7; qcov=0.275; evalue=3.37e-15; confidence=weak
RiceOs02g0307900
-
identity=32.1; qcov=0.19; evalue=1.93e-09; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131006120

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057789259.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057789259.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057789259.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057789259.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057789259.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:74141917 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B57,C36
Chr1:74141929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr1:74141934 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B98,C26
Chr1:74141934 G GGC 2bp_insertion CDS_variant 2 B98,C26
Chr1:74141939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B52,C27,C29,C62
Chr1:74141964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr1:74141967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B19
Chr1:74142019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C47
Chr1:74142024 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B121,C47
Chr1:74142060 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr1:74142072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B86,B90,C31
Chr1:74142141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057933276.1
TTAGGTGTTCTTGGACATGTCTGCCTCTTTTGTGTCGAGTGAGTCGAGTAGTGAAAATTCTAGATCGTCGGATGATGATACGAGCTGTCTAGATACTGTAAATGGCGTGCCAAGGAATAGGCCCCGAGCCGGGTATGACGTGGTTATGTTTGATTATGGGATTGGTGTAAATCTTTCTGGGCCACTCGAAGGGAGTATTCCTGCATACAAGCTGGGAAACGAGAGCCCGAAATCTGTTATAACTTTTGACAAGTTGGATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131006120
ATGTCTGCCTCTTTTGTGTCGAGTGAGTCGAGTAGTGAAAATTCTAGATCGTCGGATGATGATACGAGCTGTCTAGATACTGTAAATGGCGTGCCAAGGAATAGGCCCCGAGCCGGGTATGACGTGGTTATGTTTGATTATGGGATTGGTGTAAATCTTTCTGGGCCACTCGAAGGGAGTATTCCTGCATACAAGCTGGGAAACGAGAGCCCGAAATCTGTTATAACTTTTGACAAGTTGGATGAACTCCGTGCTGTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057789259.1
MSASFVSSESSSENSRSSDDDTSCLDTVNGVPRNRPRAGYDVVMFDYGIGVNLSGPLEGSIPAYKLGNESPKSVITFDKLDELRAVYAIPPCASLAAPSGSERPDWLYPGWTVLYECFLQMGARFPLPRLVFEACTHYRVAPGQLVPNVWRTLMAIQVFSELRGVHFSFSEVLQAYSLETHRTDNVRYQFKANRPLVLSLPDSAKKWRSRYFFISNNALGEPRDSIIPQAWEACTCPRRGPTSLAFDSASKIDWFLGFSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器